RFLP Planner RFLP Planner is een hulpmiddel dat helpt bij het plannen van een RFLP-experiment.
Download nu

RFLP Planner Rangschikking & Samenvatting

RFLP Planner Tags

vinder Perl-toepassing Beperking RFLP Planner restrictie-enzymen enzymen

RFLP Planner Beschrijving

RFLP Planner is een tool die helpt bij het plannen van een RFLP-experiment. RFLP Planner is een tool die helpt bij het plannen van een RFLP-experiment: het vindt restrictie-enzymen die op verschillende manieren een set homoloog-DNA-sequenties snijden en het resulterende gel-elektroforesebeeld simuleren. Het programma helpt u de cruciale restrictie-enzymen die de bevolking kenmerken te vinden. Met de elektroforese-simulatie is het eenvoudig om de restrictie-enzymen te kiezen die het beste polymorfisme op het gel.an-belangrijke zoekwoord laten zien is biodiversiteit. Here zijn enkele belangrijke kenmerken van "RFLP Planner": · Simulatie van gelimages (PNG): elke sequentie één afbeelding . Elk beeld met een molecuulgewichtsmarker. Elk restrictie-enzym één sleuf. · Evaluatie wordt uitgevoerd met de hele bioperl restrictie-enzymdatabase, maar de gewenste enzymen kunnen ook worden toegevoegd (enzymename of restrictie ^ site) · Isoshizomeren worden niet gebruikt voor berekeningen (maar verschijnen in de resulterende fragment.txt) · Sequenties kunnen worden bijgesneden tot dezelfde lengte of niet, maar voor de gelimage worden de originele sequenties gebruikt · Gewenste molecuulgewicht markeringsbanden kunnen worden gelabeld · Optie om afbeeldingen te labelen (met sequence naam) · Veel verschillende in- en uitvoerformaten worden ondersteund (BIOPERL) · Misbruik het programma om primersequenties van een bos van reeksen te snijden: 1. in één sequentie gesneden primersequentie handmatig2. Importeer alle sequenties (FASTA) 3. Kies: TriMM = 1, aligned_format = 'fasta' · Automatisch verwijderen Slecht uitlijnende sequenties · Gekozen bereik van gezochte restrictie-enzymen (4, 6, .. -BP-snijder) · Automatische omgekeerde complementsequenties (werkt niet voor een grote hoeveelheid SEQ; Als het niet werkt, probeer dan met minder sequenties, exoprt uitlijning in Fasta, deel opnieuw alle sequenties, bereken de hele reeksen: · PERL · BIOPERL · GD-Library · Term :: AnsicolorWhat is nieuw in deze release: · Mogelijkheid om uitgaande map te kiezen Waar alle bestanden worden opgeslagen · Als het schrijven van bestanden mislukt, bericht waar anders ze zijn opgeslagen · TextFile met enzymfragmenten heeft een leuke "humanleleheerbare" tijdstempel. · Enzymfragmentenbestand is nu geformatteerd met behulp van spaties in plaats van tabbladen -> Dit maakt het gemakkelijker om Lees in teksteditor, maar moeilijker te inporteren naar tafels.

RFLP Planner Gerelateerde software