RFLP Planner RFLP Planner - vind restrictie-enzymen die helpen de bekende homologe DNA-sequenties te onderscheiden
Download nu

RFLP Planner Rangschikking & Samenvatting

RFLP Planner Tags

vinden simuleren mutatie Vind mutatie elektroforese simulatie vinden beperking enzime

RFLP Planner Beschrijving

RFLP Planner - vind restrictie-enzymen die helpen om de bekende homologe DNA-sequenties te verschillen RFLP Planner is een open source-app die u zal helpen bij het plannen van een RFLP-experiment: het vindt restrictie-enzymen die op verschillende manieren een set homoloog-DNA-sequenties snijden en het resulterende gele-elektroforesebeeld simuleren. RFLP Planner moet platform onafhankelijk zijn, maar wordt alleen getest op Mac OS X. helpt u om de cruciale restrictie-enzymen te vinden die de bevolking kenmerken. Met de elektroforese-simulatie is het gemakkelijk om de restrictie-enzymen te kiezen die het beste polymorfisme op de gel laten zien. Een belangrijk zoekwoord is biodiversiteit. Het programma is in Perl geschreven, gebruikt enkele modules van BioPerl en de GD-Library. RFLP Planner moet platformonafhankelijk zijn, maar wordt alleen getest op Mac OS X.Here zijn enkele belangrijke kenmerken van "RFLP Planner": · Simulatie van gelimages (PNG): elke reeks één afbeelding. Elk beeld met een molecuulgewichtsmarker. Elk restrictie-enzym één sleuf. · Evaluatie wordt uitgevoerd met de hele bioperl restrictie-enzymdatabase, maar de gewenste enzymen kunnen ook worden toegevoegd (enzymename of restrictie ^ site) · Isoshizomeren worden niet gebruikt voor berekeningen (maar verschijnen in de resulterende fragment.txt) · Sequenties kunnen worden bijgesneden tot dezelfde lengte of niet, maar voor de gelimage worden de originele sequenties gebruikt · Gewenste molecuulgewicht markeringsbanden kunnen worden gelabeld · Optie om afbeeldingen te labelen (met sequence naam) · Veel verschillende in- en uitvoerformaten worden ondersteund (BIOPERL) · Misbruik het programma om primersequenties van een stel reeksen te snijden: 1. In één sequentie gesneden primersequentie handmatig 2. Importeer alle sequenties (Fasta) 3. Kies: TRIMMMATE = 1 FASTA '· Automatisch verwijderen Slecht uitlijnende sequenties · Kies bereik van gezochte restrictie-enzymen (4, 6, .. -BP-snijder) · Automatische omgekeerde complementsequenties (werkt niet voor grote hoeveelheid SEQ; als het niet werkt, probeer dan met minder sequenties, exoprt uitlijning in Fasta , lid worden van LL Sequenties opnieuw, bereken het geheel)

RFLP Planner Gerelateerde software