4sale Een gereedschap voor synchrone RNA-sequentie en secundaire structuuruitlijning en -bewerking
Download nu

4sale Rangschikking & Samenvatting

4sale Tags

structuur volgorde database bijhouden Aangepaste database RNA Productdatabase RNA-sequentie structuur editor Webshop

4sale Beschrijving

In sequentie-analyse bouwt de meerdere uitlijning het fundament van alle procedureringsanalyses. Fouten in een uitlijning kunnen alle volgende analyses sterk beïnvloeden en daarom kunnen leiden tot verkeerde voorspellingen. Handgemaakte en met de hand verbeterde uitlijningen zijn noodzakelijk en ondertussen een goede gangbare praktijk. Voor RNA-sequenties is vaak de primaire sequentie en een secundaire structuurconsensus bekend, b.v. de Cloverleaf-structuur van het T-RNA. Onlangs worden er een aantal uitlijningsredacteuren voorgesteld die beide soorten informatie kunnen opnemen en modelleren. Echter, met de komst van een grote hoeveelheid betrouwbare RNA-sequenties samen met hun opgelost secundaire structuren (verkrijgbaar bij b.v. de ITS2-database), worden we geconfronteerd met het probleem om sequenties en hun bijbehorende secundaire structuren synchroon te hanteren. 4SALE vult deze kloof. De aanvraag is ontwikkeld om een snelle sequentie en synchrone secundaire structuuruitlijning mogelijk te maken voor grote datasets en voor de eerste keer synchrone handmatige bewerking van uitgelijnde sequenties en hun secundaire structuren. Deze studie beschrijft een algoritme voor de synchrone uitlijning van sequenties en hun bijbehorende secundaire structuren, evenals de belangrijkste kenmerken van 4sale die wordt gebruikt voor verdere analyses en bewerking. 4SALE bouwt een optimaal en uniek uitgangspunt voor elke RNA-sequentie en structuuranalyse. 4SALE, die een gebruiksvriendelijke en intuïtieve interface biedt, is een uitgebreide toolbox voor RNA-analyse op basis van reeks en secundaire structuurinformatie.

4sale Gerelateerde software