Anc-gen Inferentie van voorouderlijke gensequenties door de op afstand gebaseerde Bayesiaanse methode
Download nu

Anc-gen Rangschikking & Samenvatting

Anc-gen Tags

volgorde Bayesiaans inferentiemachine gen Fuzzy gevolgtrekking systeem nucleotidesequentie inferentieprobleem variatie-inferentie Bayesiaanse netwerk editor Bewerk Bayesiaanse netwerk gevolgtrekking Bayesiaanse uitlijning haplotype gevolgtrekking Gevolgtrekker Bayesiaanse analisis Bayesiaanse methode implementatie Bayesiaanse methode Bayesiaanse analyse Op afstand gebaseerde analyse Phylogeny-inferentie Ancestral Gene Cluster Ancestral Gene grote fylogeny-inferentie Bayesiaanse MCMC-analyse Genequentie statistische gevolgtrekking voorouderlijke

Anc-gen Beschrijving

De ANC-gen-toepassing is ontwikkeld om een klein opdrachtregelgereedschap te zijn voor conclusie van voorouderlijke nucleotidesequenties van eiwitcoderingsgenen uit een reeks van de huidige sequenties waarvan de fylogenetische relaties bekend zijn. Het programma schrijft eerst de aminozuren door de op afstand gebaseerde Bayesiaanse methode, en vervolgens in de onderliggende nucleotidesequenties door de afgeleide aminozuren te bevestigen. Om het programma te gebruiken, hebt u een invoerbestand nodig dat de DNA-sequenties en de TOBLY-topologie van deze sequenties bevat (zie RNase.seq voor een voorbeeld). Dit bestand begint met twee cijfers: het aantal sequenties en het aantal nucleotiden per sequentie (volglengte). De tweede regel is de naam van de eerste reeks en de derde regel is de eerste reeks, enzovoort. Alleen A, T, C, G, A, T, C en G zijn toegestaan in de reeksen. De sequenties moeten worden uitgelijnd en hiaten of andere symbolen worden verwijderd. De laatste regel van het bestand is de boomtopologie van de sequenties. Het boomformaat is hetzelfde als die wordt gebruikt in Phylip-pakket (Felsenstein 1995). Merk op dat de boom niet-ontgroeftig is, dus de trap in plaats van is vereist voor het diepste vertakkingsknooppunt.

Anc-gen Gerelateerde software