Bamarray Bayesiaanse analyse van de variantie voor microarrays
Download nu

Bamarray Rangschikking & Samenvatting

Bamarray Tags

Bayesiaanse schatting Bayesiaans BPM-variantie gen Bayesiaanse netten Maak Bayesiaans netwerk Bayesiaanse netwerkondersteuning Genanalyse Naive Bayesiaanse classifier onderzoek Bayesiaanse netwerk Studie Bayesiaanse netwerk microarray Phylogeny Bayesiaanse schatting aanzienlijke variantie Bayesiaanse netwerk editor Bewerk Bayesiaanse netwerk Bayesiaanse uitlijning microarray data Los Bayesiaanse netten op Bayesiaanse Netten solver Bekijk Bayesiaanse netten Bayesiaanse analisis Bayesiaanse methode implementatie Bayesiaanse methode Analyse SNP-microarrays Bayesiaanse analyse Bayesiaanse boomanalyse Bayesiaanse MCMC-analyse globale variantie variantie bayesian filtering Beach Head 2002 HEAUSECH TVR 3.0 gegevensinvoersnelheid Gegevensinvoerpraktijk Java Woordenboek voor GZ naar Ani Wallpaper voor XP .gp convertor software FB2 Reader J2ME jpg naar ppt Iconcool Studio Pro KB2 Adobe CPS de beste volwassene Symbian WiFi

Bamarray Beschrijving

Bamarray is een geavanceerde en professionele applicatie die de BAM Tehcnique implementeert. BAM is een nieuwe statistische techniek voor het detecteren van differentieel die genen van microarray-gegevens uitdrukken. In het hart van de methode is een speciaal type signaaldetectietechniek die het valse signaal naar beneden haalt terwijl het real signaal alleen blijft. Standaardmethoden zoeken naar genen door te vertrouwen op elementaire teststatistieken met behulp van gegevens van het ene gen in een tijd (zoals T-tests of contrasten van ANOVA-modellen). Gene-lijsten worden verkregen door het filteren van statistieken door te proberen de algehele type-i-fout of valse ontdekkingsnelheid of filtering te besturen met behulp van een door de gebruiker opgegeven cutoff-niveau. BAM neemt een fundamenteel andere aanpak en richt zich in plaats daarvan bij het schatten van het differentiële effect van een gen door de informatie tussen alle genen tegelijkertijd te synthetiseren. In plaats van het filteren van genen, worden geschatte effecten in kaart gebracht in patroontypen. BAM's speciale signaaldetectiemechanisme krimpt tot nul geschatte effecten voor genen die onwaarschijnlijk differentieel uitdrukken, en bijgevolg worden interessante patronen zeer interpreteerbaar met behulp van grafische visualisatietools. Patronen van interesse kunnen "hit-and-run" genen zijn die een biologisch systeem beïnvloeden voor slechts een bepaalde hoeveelheid tijd, of genen die tijdens het hele proces zijn betrokken. BAM is van toepassing op experimentele ontwerpen van multigroup, zoals gegevens die zijn verzameld over verschillende stadia van een ziekte. Andere toepassingen omvatten het profilering van het genexpressie voor tijd-cursusgegevens, Detectie Detectie, Invariant Set Normalisatie, Gene Atlas Transcriptome-toewijzingen, evenals een vele andere problemen. Belangrijkste kenmerken: Bamarray is een gebruiksvriendelijke Java-applicatie die op verschillende besturingssystemen werkt. Bamarray kan ook onbeheerd worden uitgevoerd in de batchmodus die is geïnitieerd door een scriptbestand. Batch-modus kan verschillende gegevensbestanden opeenvolgend verwerken en de resulterende analyse opslaan op schijf. Met aangepaste ontworpen scripts kunnen gebruikers interface met verschillende soorten software, zoals bioconductor en r. Bamarray heeft een opslagrun-functie waarmee gebruikers de resultaten van een run voor later ophalen kunnen opslaan. Een run die minuten kan duren om uit te voeren, kan in slechts enkele seconden worden hersteld met behulp van herstelopening. Opslaan RUN kan ook worden geactiveerd in de batchmodus. Experimentele ontwerpen met onbeperkte groepen zijn ondergebracht. Visualisatieplaatsen zijn beschikbaar voor het identificeren van specifieke soorten genpatronen. Bamarray classificeert automatisch genen in genpatronen. Bamarray is bijna automatisch en vrij van gecompliceerde stemparameters. De meeste statistische methoden vereisen een door de gebruiker gespecificeerde filterwaarde voor het identificeren van significante genen. Bamarray biedt een geautomatiseerde waarde. ongelijke varianties over genen en experimentele groepen worden systematisch afgehandeld door een geautomatiseerde pre-processingstap die de verschillen in de groep niet kunstmatig dempt of versterken van groepsverschillen over genen (zoals te zien is met andere transformaties, zoals logaritmen). Grafische gereedschappen met behulp van zoom-in en lassoing kunnen gebruikers interactief lijsten van genen genereren. Gene-labels kunnen worden ingeschakeld of uit, waardoor genen van belangstelling gemakkelijk worden geïdentificeerd. Specifieke genen kunnen worden gemarkeerd met behulp van een vervolgkeuzelijst of door een trackinglijst te vullen van gen-labels in een bestaand bestand. -genlijsten kunnen worden geëxporteerd. Exporteerlijsten kunnen worden geautomatiseerd met behulp van de batch-modus. -cijfers kunnen worden opgeslagen als Publicatiekwaliteitskleurafbeeldingen. Percelen voor het testen van de onderliggende aannames van het model zijn opgenomen als onderdeel van de grafische suite. Ondersteunt JRE 6.

Bamarray Gerelateerde software