Bambino Bekijk BAM-bestanden met deze tool.
Download nu

Bambino Rangschikking & Samenvatting

Bambino Tags

kijker visie weergave BAM API BAM gegevens visualizer Visualiseer BAM-gegevens BAM Data Viewer BAM data BAM-bestand bekijken Analyse BAM-bestand Detecteer sequencing-bestand Bab

Bambino Beschrijving

Bambino is een kleine, eenvoudige applicatie speciaal ontworpen om gebruikers een grafische viewer en SNP / Indelketector voor de volgende generatie sequencing-bestanden in SAM / BAM-formaat aan te bieden. De kijker PROCESSEN PROCESSENDE ONTHEERDE BAM-uitlijningen om een volledig gewatteerd beeld van de assemblage te maken, waardoor volledige visualisatie van inserties mogelijk is. Belangrijkste kenmerken: Detecteert SNPS, Inserties en deleties rechtstreeks van BAM-bestanden met behulp van een configureerbaar proces. Dit kan worden uitgevoerd vanaf de opdrachtregel (zie Documentatie van BAM Hulpprogramma's) of interactief vanuit de kijker. kan dynamisch de gegevens van meerdere BAM-bestanden poolen: gegevens bekijken en analyseren van tumor / normale paren, meerdere runs of zelfs platforms. De variantdetector maakt ook gebruik van het poolen, waardoor de uitgang geschikt is voor somatische mutatiedetectie. verzoent alle Indels in de dataset in een verenigde, gevoerde uitlijning met de referentiesequentie, waarbij de lezingen en de referentie indien nodig vulling. Hoewel de SAM / BAM-specificatie Gevoegde uitlijningen mogelijk maakt, bevatten de meeste BAM-bestanden niet-ingezette lezing-gegevens. Bambino converteert deze niet-afgestelde uitlijningen in essentie in gevoerde. Deze postprocessing biedt een complete en uniforme weergave van de assembly, zelfs van lees met verschillende Indel-maten op dezelfde locatie. Dit is handig voor het visualiseren van functies zoals STRPS en debugging van de uitlijningen geproduceerd door read-mapping-programma's. Toont toewijzingen van DBSNP SNP-sites en referentie-eiwitsequenties, met behulp van UCSC-genoom-annotaties. De databaseverbinding is configureerbaar; Het kan functies uit verschillende databases en / of genoom worden gebouwd, en kunnen de UCSC Public MySQL-databaseserver of een lokale spiegel die u verstrekt te gebruiken. berekent de veranderingen door de eiwitcodering veroorzaakt door SNP's in NCBI-refseqs kan display lezen tegen voltooide referentiesequentie (momenteel UCSC .2bit en .NIB-indelingen worden ondersteund), of een consensus gegenereerd uit de bron .BAM-gegevens

Bambino Gerelateerde software