 | CirconspectHulpmiddel voor het maken van Contig Spectra |
| Download nu | |
Circonspect Rangschikking & Samenvatting
Advertentie
- Vergunning:
- GPL
- Naam uitgever:
- Florent Angly
- Besturingssystemen:
- Windows All
- Bestandsgrootte:
- 67 KB
Circonspect Tags
Circonspect Beschrijving
Circonspect, ook bekend als, controle in onderzoek op Contig Spectra) is gemaakt om Contig Spectra te genereren die gebaseerd is op de montage van willekeurige subsets van metagenomen. De Contig Spectra kan dan stroomafwaarts worden gemodelleerd om diversiteitsschattingen te krijgen (bijvoorbeeld met PHACC's). Verschillende soort Contig Spectra kan worden gecreëerd: het standaard Contig-spectrum voor alfa-diversiteit, het gemengde contractspectrum, voor gamma-diversiteit en het kruis-contig spectrum, voor bèta-diversiteit. Het bouwen van een Cross-Contig-spectrum vereist het bouwen van een gemengd contkendspectrum, dat vereist dat het bouwen van normale Contig Spectra is gebaseerd op verschillende geselecteerde metagenomen (FASTA-bestanden). Circonspect maakt gebruik van een geïndexeerde sequentiedatabase om tijdelijke gegevens op te slaan. Elk assemblageprogramma dat een minimale overlappingslengte en gelijkenis ondersteunt, is aangepast; Op dit moment worden Minimo, Tigers Assembler, CAP3 en Newbler ondersteund. Wanneer er meerdere herhalingen zijn uitgevoerd (bootstrapping), is het gemiddelde Contig-spectrum berekend. De gebruiker kan de grootte van de sequenties regelen door ze naar een gegeven lengte te trimmen en sequenties die kleiner zijn dan een drempel.
Circonspect Gerelateerde software
