Dtscore

een op afstand gebaseerde tandem duplicatie boom reconstructie algoritme
Download nu

Dtscore Rangschikking & Samenvatting

Advertentie

  • Rating:
  • Vergunning:
  • Freeware
  • Naam uitgever:
  • Olivier Elemento
  • Besturingssystemen:
  • Windows All
  • Bestandsgrootte:
  • 224 KB

Dtscore Tags


Dtscore Beschrijving

DTSCore-applicatie is ontwikkeld om een op afstand gebaseerd tandem duplication tree reconstruction algoritme te zijn. Het is gebaseerd op een eenvoudig Tandem-duplicatiemodel, dat een ongelijke recombinatie (cross-over) aanneemt als het enige duplicatiemechanisme. Het enige dat nodig is als input is een afstandsmatrix tussen kopieën. In deze matrix moeten de rijen en kolommen op dezelfde manier worden besteld als de kopieën op de locus worden besteld. DTSCORE kan worden toegepast op relatief grote datasets (meer dan honderd kopieën). Afstanden kunnen worden berekend met behulp van programma's zoals DNADIST (nucleotidesequenties) of barter (eiwitsequenties) van het Phylip-pakket. Heterogene tarieven van substitutie tussen sites kunnen bijvoorbeeld worden behandeld met behulp van de GAMMA-methode.


Dtscore Gerelateerde software