Gnlab Computationele pijpleiding voor grootschalige gen-netwerkanalyse
Download nu

Gnlab Rangschikking & Samenvatting

Gnlab Tags

analyse SSIS-pijplijn structuur rekenprestaties Computationele efficiëntie pijpleiding Computational Geometry computationeel Aangepaste pijplijn Computational Model groot netwerk Automatische pijpleiding grootschalige implementaties Computational Finance Computational Component Computational Biolog Computational Astronomy daisy pijplijn Penelope Cruz wallpaper computationele chemie Genanalyse genereer grootschalige wolk Microarray Gene-analyse genexpressie-analyse Computational Probleem Computational Power pipeline component tester Test pijplijncomponent decoderen pijplijn Computational Neurowetenschap pipeline mode gen-reactie-eiwit netwerk Computational-aanpak Maak gen-netwerk gen-netwerkgenerator eiwit-codering gen-analyse Analyse-pijplijn Gegevensanalyse Promationeel kunstwerk genereren Simuleer het GEN-netwerk Gene-netwerk genereren Genrefrequentie-gegevensanalyse Grote fylogenies-analyse Computational Pipeline Grootschalige analyse Statische structuur Computationele intelligentie Segmentatie pijplijn Modifier-genanalyse GEN-expressie-gegevensanalyse Verwerkingspijplijn grootschalig gemiddelde firewall Avipreview Ares .Snd naar tekst fruitige loops DJ Blaze HDTV-stuurprogramma software voor auto-onderdelen Download videomixer ALIF BAA QURAN aanraaktoetsenbord v1.0 iBall stick Bestand Explorer 2690 ssh-server wind

Gnlab Beschrijving

De GNLAB-naam staat voor het virtuele laboratorium van Gene Network. GNLAB is ontwikkeld om een nieuwe bio-informatica-tool voor de grootschalige analyse van gen Regulatory Networks (GRNS) te zijn. Deze C ++ -opdrachtslijnstool ondersteunt de analyse van zowel de statische structuur als het dynamische gedrag van een GRN. GNLAB is ontwikkeld om het ontwerp en de implementatie van grootschalige herhaalbare computationelexperimenten op GRNS te ondersteunen. GNLAB bestaat uit scheidbare componenten voor netwerkgeneratie, simulatie, analyse, visualisatie, vergelijking en gevolgtrekking. Door het gebruik van een door de gebruiker gedefinieerde script, kunnen deze componenten samen worden gewijzigd om een pijplijn van de GRN-analyse te bouwen. Elke component kan worden aangeroepen door een opdrachtregeloptie. Belangrijkste kenmerken: Netwerkgeneratie: Drie netwerkgroeimodellen zijn verkrijgbaar in GNLAB. Een willekeurig netwerk kan worden gegenereerd door het ERDOS-Renyi-model (-R), het schaalvrije model (-f) of het Charleston-HO-model (-g). Het Charleston-Ho-model is een nieuw voorgesteld netwerkgroei-model dat gebaseerd is op bekende processen in de evolutie van het genoom. Dit model wordt getoond om de gedetailleerde topologische structuur van de echte GRNS (HO en Charleston, in voorbereiding) vast te leggen. Netwerkvisualisatie: GNLAB kan invoerbestanden produceren voor Graphviz, Geomi en Cytoscape. Deze functionaliteit kan worden aangeroepen door de opdrachtregeloptie -V. Netwerksimulatie: Met behulp van de kinetiek van de heuvel kan het genexpressiepatroon van een GRN deterministisch of stochastisch worden gesimuleerd. Gegevens voor het TIME-SERIE-genexpressieprofiel kunnen worden gegenereerd door optie-achtige opdrachtregel op te roepen. De gesimuleerde gegevens worden opgeslagen in een tekstbestand met een ".DATA" -extensie. Drie soorten microarray-datasets kunnen worden gesimuleerd door GNLAB: tijdreeksen, genstoornissen en conditiespecifieke datasets. De opdrachtregeloptie -s wordt gebruikt om een simulatie van microarray-gegevens op te roepen. Netwerkanalyse: De statische structuur van een GRN kan worden gekwantificeerd door een verzameling netwerktopologische kenmerken. Een set van 11 topologische kenmerken wordt berekend in GNLAB. Netwerkvergelijking: De topologische gelijkenis tussen twee netwerken met hetzelfde aantal knooppunten kan worden berekend in GNLAB. Een netwerkvergelijking wordt aangeroepen via de opdrachtregeloptie -C. Een summier in één lijn van topologische verschillen tussen de twee netwerken wordt naar de console uitgevoerd. Netwerkinferentie: GNLAB voert geen netwerk-inferentie rechtstreeks uit. Het staat echter de Microarray-dataset toe om te worden omgezet in het invoerformaat van Aracne en Banjo. Dit proces wordt opgeroepen door de opdrachtregeloptie -D.

Gnlab Gerelateerde software