Hapmixmap HAPMIXMAP is een programma voor het modelleren van uitgebreide haplotypen in genetische associatiestudies
Download nu

Hapmixmap Rangschikking & Samenvatting

Hapmixmap Tags

Associatie beheren gen Dafault Image Association Programma-associatie bewerken haplotype kandidaat-gen uitgebreide haplotypes tag SNP genotype loci stroomafwaarts genetisch programma HAPLOTYPES-analyse geit haplotypes Genetische associatie-analyse Analyse Genetic Association

Hapmixmap Beschrijving

U kunt HAPMIXMAP gebruiken om eenvoudig alle lociin een kandidaat-gen te testen waarin TAG SNPS is ingetypt in gevallen en bedieningselementen HAPMIXMAP is een programma voor het modelleren van uitgebreide haplotypen in genetische associatiestudies. Het is vooral bedoeld om HAPMAP-haplotypen te modelleren met behulp van tag SNP-genotype-gegevens. HAPMIXMAP is een programma voor het modelleren van uitgebreide haplotypen in genetische associatiestudies, vergelijkbaar met het Fastphase-programma ontwikkeld door Scheet en Stephens (2006). De programmeermodellen met een niet-gerelateerde genotype-gegevens over niet-gerelateerde personen, en past bij een model waarin koppelingsongevolkte wordt gegenereerd door K onafhankelijke Poisson-aankomstprocessen die overeenkomen met K-modale HAPLOTYPE-staten. Dit komt overeen met de waarneming die typisch 2-4 gemeenschappelijke haplotypes zijn voor de meeste van de allelische diversiteit in elk haplotype-blok, en dat zeldzamere haplotypes typisch kleine varianten van deze modale haplotypen zijn. De blokachtige structuur van haplotypes in het genoom, die overeenkomt met voorouderlijke recombinatie-hotspots, wordt gemodelleerd door het aankomstsnelheid te laten variëren om over het genoom te variëren. Dit model is vergelijkbaar met die gebruikte in Admixmap tot modelmengsel tussen populaties, en de meeste code in HAPMIXMAP is afgeleid van ADMIXMAP. Het programma genereert de achterste verdeling van haplotypes in elk chromosoom, gezien de waargenomen niet-afgesproken genotype-gegevens. Score-tests voor associatie met een uitkomstvariabele zijn geconstrueerd door gemiddeld over deze achterste distributie. Voor een binaire uitkomstvariabele (zoals in een case-control studie) past het programma bij een logistiek regressiemodel. Voor een kwantitatieve eigenschap past het programma bij een lineair regressiemodel en voor overleving-tijdgegevens past het programma een COX-regressiemodel. Het programma is bedoeld om te worden gebruikt met HAPMAP Genotype-gegevens: een dataset is beschikbaar voor een panel van 60 niet-verwante personen in elk van de drie continentale groepen. Deze genotype-gegevens kunnen worden gecombineerd met genotype-gegevens over de onderwijsonderdelen (typisch een case-control-collectie) bij een subset van de HAPMAP LOCI. Meestal wordt deze subset van HAPMAP LOCI tag SNP's zoals die op de Affymetrix of Illumina-arrays). Het programma modelleert vervolgens de haplotype-structuur van de bevolking, met behulp van gegevens van zowel het HAPMAP-panel als de onderwijsonderdelen en genereert de achterste verdeling van genotypen op alle niet-zuivere HAPMAP-loci in de onderwijsonderdelen. HAPMIXMAP gebruiken, kan elke genetische associatiestudie met behulp van een paneel van tag SNP's worden geanalyseerd alsof alle loci in de HAPMAP was getypt. De scoretest voor Association maakt correct mogelijk voor onzekerheid in gevolgtrekking van de genotypen bij niet-gevetterde loci. Het levert ook als bijproduct een maatregel voor de efficiëntie van het onderzoeksontwerp bij het testen van elke locus, in vergelijking met een studie waarin de locus rechtstreeks wordt getypt). Dit is de verhouding van waargenomen om informatie in de scoretest te voltooien. Dit kan worden gebruikt om de toereikendheid van een SNP-paneel van een tag te evalueren en te beslissen of extra genotypering van niet-gevoegde loci waarschijnlijk extra informatie oplevert. HAPMIXMAP vereist R om op uw computer te worden geïnstalleerd. R is een gratis statistisch analyse-programma

Hapmixmap Gerelateerde software