IQPNNI Belangrijke kwartet Puzzling en NNI-operatie
Download nu

IQPNNI Rangschikking & Samenvatting

IQPNNI Tags

volgorde DNA-sequentie DNA procent operatie fylogenetische boom Werking van de iterables fylogenetisch modelparameter raadselachtig pic aapfoto Aziatische lettertype acrobat Wings 3D 1.1.3 project p nexus lijst van whatsapp siv keeper l-lite mega 3.5.3 S60XP voor Nokia Gratis videogame SMV conventor synettes bedtime verhalen getbank 24 pl bbs pe kg mac 1.9.1.5

IQPNNI Beschrijving

De naam IQPNNI staat voor een belangrijke kwartet-puzzelen en NNI-operatie. Een efficiënte boomreconstructiemethode (IQPNNI) wordt ingevoerd om een fylogenetische boom te reconstrueren op basis van DNA- of aminozuursequentiegegevens. Onze aanpak combineert verschillende snelle algoritmen om een lijst met potentiële kandidaat-bomen te genereren. Het sleutelbestanddeel is de definitie van zogenaamde belangrijke kwartetten (IQS), die de berekening van een tussenstructuur in O (N ^ 2) mogelijk maakt voor N-sequenties. De resulterende boom wordt vervolgens verder geoptimaliseerd door het toepassen van de operatie met de dichtstbijzijnde buurwissel (NNI). Vervolgens wordt een willekeurige fractie van de sequenties verwijderd uit de beste boom die tot nu toe wordt gevonden. De verwijderde sequenties worden vervolgens opnieuw ingebracht in de kleinere boom met behulp van het belangrijke kwartet-puzzelen (IQP) -algoritme. Deze stappen worden verschillende keren herhaald en de beste boom, met betrekking tot het waarschijnlijkheidscriterium, wordt beschouwd als de afgeleide fylogenetische boom. Bovendien stellen we een regel voor, die aangeeft wanneer u het zoeken kunt stoppen. Belangrijkste kenmerken: Modelparameterschattingen mislukken in zeldzame gevallen voor parameter-rijk model Invar + Gamma Rate heterogeniteit Compatibiliteitsprobleem met GCC 4.3.2 BIONJ-boom wordt nu twee keer gereconstrueerd van de initiële afstanden en de gecorrigeerde afstanden van maximale waarschijnlijkheid

IQPNNI Gerelateerde software