MEREPS algoritme voor het vinden van maximale tandemholten
Download nu

MEREPS Rangschikking & Samenvatting

MEREPS Tags

DNA-sequentie DNA-sequentie-analyse

MEREPS Beschrijving

MERPS is een flexibele en efficiënte software voor het identificeren van seriële herhalingen (meestal genaamd tandemholten) in DNA-sequenties. MERPS is gebaseerd op een gemengd combinatoriaal / heuristisch paradigma. De kern van MERTS wordt gevormd door uitputtende combinatorische algoritmen (beschreven in ) gebruikt om alle herhalingen te vinden die bepaalde wiskundige eigenschappen verifiëren. Dit verzekert de uitvoering van de aanpak. Die herhalingen worden vervolgens ingediend bij een heuristische behandeling om meer biologisch relevante weergave van de herhalingen te verkrijgen. MREPS heeft een resolutie-parameter die het mogelijk maakt om "fuzzy" herhalingen te berekenen. In metaforische termen speelt deze parameter de rol van "vergrootglas" mogelijk om de genomogense sequentie te "uitzoomen" om meer losse herhalingen te berekenen. Krijg MREPS en geef het om de capaciteiten ervan volledig te beoordelen!

MEREPS Gerelateerde software