Masschroq Mass-chromatogram kwantificatiesoftware
Download nu

Masschroq Rangschikking & Samenvatting

Masschroq Tags

chromatogram kwantificering

Masschroq Beschrijving

Masschroq is een gespecialiseerd en veelzijdig instrument dat kwantificering uitoefent op de gegevens verkregen uit vloeistofchromatografie-massaspectrometrie (LC-MS) -technieken. Masschroq kan ook worden gebruikt om uitlijningen, XIC-extracties en piekdetecties uit te voeren. Bovendien kan Masschroq worden gebruikt om: · Analyseer gegevens verkregen uit zowel hoge als lage resolutie spectrometersystemen; · Analyseer labelvrij evenals isotopische gelabelde gegevens (bijvoorbeeld SILAC, ICAT, N-15, C-13, enz.); · Time-efficiënt verwerken een grote hoeveelheid verschillend geanalyseerde monsters in één opname (door vergelijkbare monsters te groeperen en de mogelijkheid te bieden om de analyse van elke groep te parameteren). · Neem rekening met complexe gegevensbehandelingen als peptide- of eiwitfractionering voorafgaand aan LC-MS-analyse (SCX, SDS-PAGE, enz.); Belangrijkste kenmerken: parseren van MZXML- en MZML LC / MS-gegevensindelingen -kwantificering van alle geïdentificeerde peptiden van de monsters en / of een gegeven lijst van massa-opladen (M / Z) -waarden en / of een gegeven lijst van (M / Z, retentietijd) -paren van waarden. De geïdentificeerde peptiden kunnen automatisch worden geïntegreerd in de analyse van Masschroq door gebruik te maken van onze X! Tandem Pipeline (die identificatie uitvoert en de resultaten in Masschroqml-indeling) of via TSV (tab-gescheiden waarden) bestanden die de identificatieresoftware bevatten die zijn verkregen uit andere identificatiesoftware die van andere identificatiesoftware bevatten, exporteert . Er zijn twee uitlijnmethoden beschikbaar: de OBI-Warp-uitlijning van derden op basis van MS Level 1-gegevens is geïntegreerd in Masschroq en de interne ontwikkelde MS2-uitlijning op basis van MS-niveau 2-informatie. De kwantificering in Masschroq wordt uitgevoerd op XICS (geëxtraheerde ion chromatogrammen): na XIC-extractie en filtering worden pieken op hen gedetecteerd door morfologische transformaties te gebruiken (zie de handleiding voor details). Piekgebieden (d.w.z. kwantificeerde waarde) en grenzen worden vervolgens berekend. Piekvergelijking wordt uitgevoerd (na uitlijning indien aanwezig) als volgt: een gedetecteerde piek wordt toegewezen aan een geïdentificeerd peptide, indien en alleen als de (uitgelijnde) retentietijd van dit peptide zich in de piekgrenzen bevindt. Piekmatching in Masschroq kan in twee rondes worden uitgevoerd: een eerste tijdens kwantificering, en zodra de kwantificering is voltooid, kan de gebruiker een tweede, verbeterde piekvergelijkingsronde uitvoeren, rekening houdend met de retentietijden van de eerder gematchte pieken. Verschillende XIC-filters zijn beschikbaar: Mediaan / Mean Filters verplaatsen om het signaal, de achtergrond en de basiseline-ruisverwijderingsfilters, anti-spike-filter te maken om spikes te verwijderen die worden veroorzaakt door een aantal hoge resolutie spectrometers, morfologische filters, enz. De gebruiker kan de resultaten exporteren in TSV-, Gnumeric, XHTML- en Masschroqml-indelingen. Ze zijn klaar voor automatisch gebruik in statistische software (zoals R) of voor handmatige / visuele verkenning. Evaluatie van Masschroq op complexe labelvrije gegevens verkregen uit zowel laag als hoge resolutie massaspectrometers lieten het meten van lage CV's voor technische reproduceerbaarheid (1,4%) en hoge coëfficiënten van correlatie aan eiwithoeveelheid (0,98)

Masschroq Gerelateerde software