Ngstools

Gereedschappen voor analyse van NGS-gegevens
Download nu

Ngstools Rangschikking & Samenvatting

Advertentie

  • Rating:
  • Vergunning:
  • Freeware
  • Naam uitgever:
  • Bioinformatics Lab
  • Besturingssystemen:
  • Windows All
  • Bestandsgrootte:
  • 77 KB

Ngstools Tags


Ngstools Beschrijving

NGStools is een op java gebaseerd pakket dat gericht is op het leveren van een objectmodel om verschillende soorten analyse van de volgende generatie sequentiegegevens in te schakelen. Het pakket biedt ook enkele hulpprogramma's om lees uitgelijnd op verschillende referentiegenomen te verwerken. De belangrijkste instrumenten in dit pakket zijn SNVQ, een nauwkeurige single nucleotide-varianten (SNV) detectie en genotyping-algoritme van basisgesprekken en kwaliteitsscores en een regel voor het samenvoegen van uitlijningen met een CCDS-transcriptenbibliotheek met uitlijning van dezelfde lezingen voor een referentie bijeenkomst. Het formaat van keuze om uitlijningen in elke tool in dit pakket te verwerken, is SAM, waarmee u NGStools kunt integreren met veelgebruikte kaartprogramma's als Bowtie en andere analysepakketten zoals Samtools.


Ngstools Gerelateerde software

Over ons