OpenCDSurf Bereken de toegankelijkheid van de CD-holte
Download nu

OpenCDSurf Rangschikking & Samenvatting

OpenCDSurf Tags

afgeleide

OpenCDSurf Beschrijving

OpenCDSurf is speciaal ontwikkeld als een open source-tool die de holte toegankelijkheid in cyclodextrine (CD) -derivaten kan berekenen. OpenCDSurf is ontwikkeld met het doel van het verwerken van de uitvoer van een traject van een moleculair dynamica (MD), eerder omgezet in een verzameling PDB-bestanden. Het programma identificeert automatisch elke afzonderlijke CD in het PDB-bestand, ongeacht of het alleen is, gederivatiseerd of opgenomen in macromoleculaire adducten en berekent het oplosmiddeltoegankelijke oppervlak van de holte. Om deze taak te bereiken, wordt elke CD-holte eerst gevuld met zuurstofatomen; Vervolgens wordt het Edtsurf-algoritme ontwikkeld in het Zhang-lab aangeroepen, dat het oplosmiddeltoegankelijke oppervlak (SAS) van deze atomen berekent, rekening houdend met andere atomen die uiteindelijk in de omgeving aanwezig zijn die de toegang tot de holte kan belemmeren, b.v. de atomen van de suikermonomeren zelf, of andere delen die mogelijk zijn verbonden met de CD-kern. OpenCDSurf wordt geregeld via een opdrachtregelinterface.

OpenCDSurf Gerelateerde software