Piekvinder Lokaliseert pieken (Coshesin-bindingsplaatsen) in gistchip-microarry-gegevens
Download nu

Piekvinder Rangschikking & Samenvatting

Piekvinder Tags

Vinder locator alter protocolbinding toon protocolbinding protocolbinding hoogtepunt Selecteer binding skibinding Implementeer binding RenderMan Binding Flexibele bindend mechanisme Dataverbinding verbindend C ++ naar Lua-binding creëer binden het genereren van binding bindende bibliotheek Qt 4 binding .NET-binding bindende set Twin Peaks Screensaver Twin Peaks OpenCL API-binding Qt binding Python-binding lokaliseren piek piek vinden pieklocator Bekijk chromatografische pieken Chromatografische pieken-analyse Database API-binding tri pieken ja Tekst MOSAIC CREATOR Acid Drop 1.0 N73 Ringtone Cutter Download tor browser usb veilig verwijderen Adobe Acrobat5 Serial Nero Plugin Lame php-schrijver nrg bestand extractor sims3pack body shop Universal Ethernet-stuurprogramma Bluetooth-stuurprogramma ivt

Piekvinder Beschrijving

De applicatie van de peakfinder is ontwikkeld om een hulpmiddel te zijn dat pieken (cohlenin-bindingsplaatsen) in gistchip (chromatine immunoprecipitatie) microarry-gegevens lokaliseert. Peakfinder is een genoomvisualisatie-tool die Microarray-ratio-gegevens doorzoekt voor "Peaks". De pieken worden gevonden met behulp van een gladde curve die interactief kan worden gekozen. Nucleotide-inhoud met behulp van een opgegeven bewegend venster kan samen met de Microarray-resultaten worden weergegeven. Het programma is bijna generiek voor elk genoom, maar heeft nog steeds een paar parameters voor gist. Invoerbestanden: - GenomeIndex.Dat-bestand: coördinaten vertellen de locatie van elk chromosoom in het genoom. De locatie van Centromeere is ook opgegeven. - "Coördinaten Coördinaten" Excel Worksheet: kolommen A, B en C MOETEN NAAM, COSE1, COSE2. De coördinaten zijn genoomcoördinaten voor elke functie. - "Ratio's" Excel-werkblad met microarray-gegevens: kolom A moet "Iname" zijn. De ratio-gegevens worden verondersteld in de laatste kolom te zijn. De functie "Innaam" -waarden moeten Machen die zijn opgegeven in het werkblad Coördinatencoördinaten. - Map met nucleotidesequenties, één bestand voor elk chromosoom. De sequentiegegevens kunnen in FASTA-indeling zijn met een define, of gewoon een ASCII-bestand. De namen van de bestanden moeten Chr * of Chrnn * zijn. Bijvoorbeeld, chr05.fsa of chrviii_562639.ascii. Hetzij "oude" of "nieuwe" bestandsindeling van de Saccharomyces-genoomdatabase is acceptabel. - Peakfinder.ini is in de directory C: \ Documents en Instellingen \ Lokale instellingen \ Applicatiegegevens \ Stowersinstitute \ Peakfinder Uitgangsbestanden: - Het diagram wordt automatisch op het klembord geplaatst, als de bitmap of metafile optie is geselecteerd en kan onmiddellijk worden geplakt in een andere toepassing nadat deze wordt weergegeven. (Schakel het selectievakje Auto Opslaan opslaan Stopt deze automatische plaatsing van het diagram op het klembord). Druk anders op de knop Opslaan in het tabblad Diagram om het diagram op te slaan op een opgegeven GIF-bestand. - De knop Opslaan Pieken op het tabblad Poppen kan worden geselecteerd om een PEIKS.CSV-bestand op te slaan, dat in Excel kan worden geopend. - De knop "Alle" op het tabblad RawData resulteert in een reeks bestanden die worden geproduceerd. Geef normaal een nieuwe map op en bevat deze bestanden wanneer de verwerking is voltooid: ratiofileName.dat, ratiofilentie-chromosomenn.gif (NN = 01 tot 16) en ratiofilerename-peaks.csv, waar ratiofilentieaam de naam is van de verhouding Excel Bestand opgegeven op het tabblad RAW-gegevens.

Piekvinder Gerelateerde software