Pph Een programma voor het afleiden van haplotypes van genotypen
Download nu

Pph Rangschikking & Samenvatting

Pph Tags

analyse haplotype uitgebreide haplotypes HAPLOTYPE-analyse Genereer interactie met genotypen creëren interactie genotypen nakomelingenarray genotypen fylogenie genetische bevolking Genotype-analyse HAPLOTYPES-analyse geit haplotypes 3 diploïde genotypes

Pph Beschrijving

PPH is ontwikkeld om een programma te zijn voor het afleiden van haplotypes van genotypen om te bepalen of er sprake is van de resulterende haplotypes die passen in een boommodel (d.w.z. een perfecte fylogenie, een coalcente). In meer bevolkingsgenetische termen bepaalt PPH of een reeks SNP-genotypen kan worden verklaard door Haplotype-paren die kunnen evolueren op een coalcente onder de no-recombinatie, oneindig sitesmodel. Daarom bepaalt het voor SNP-genotype-gegevens wat de drie of vier gametentest (afhankelijk van de of de boom is geworteld of niet) voor haplotype-gegevens bepaalt. Selecteer in het programma PPH op het formaat van de invoergegevens een van de nummers 1 tot en met 7 zoals hieronder uitgelegd. Het invoerformaat bepaalt het uitvoerformaat. Stap voor stap om dit programma te gebruiken: 1. Typ "PPH.EXE" om het programma te starten. 2. Voer de bestandsnaam in: Voer de bestandsnaam in van het bestand dat genotype of haplotype-informatie bevat. 3. Voer het nummer van de bestandsindeling in: (raadpleeg het bestand "formaat.txt"): Dit programma kan zeven verschillende soorten formaten lezen. Raadpleeg het bestand "Formatteer.txt" voor meer informatie over de indelingen. De ingangswaarde moet van 1 tot 7 zijn. 4. Voer de bestandsnaam in die de voorouderlijke vector vasthoudt, d.w.z. de binaire vector die de karakterstaten aan de root van de boom specificeert. Er zijn twee speciale gevallen van bijzonder belang. Als de voorouderlijke staten allemaal zijn-0, voer dan gewoon "D" in voor de standaardcase; Als u de voorouderlijke staten niet kent, voert u "M" in voor de meerderheidsvector). In dat geval zal het programma bepalen of er een onroetige boom is die de gegeven genotypen zou kunnen evolueren. 6. Een uitvoerbestand wordt gegenereerd. De naam van het uitvoerbestand is "Uitvoer". Zie de bestandsindeling.txt voor informatie over de uitvoerindelingen 7. Het programma controleert ook op consistentie van de uitvoer. Dat wil zeggen, het controleert of elk uitgangshaplotype-paar daadwerkelijk overeenkomt met de juiste invoer genotype vector. Het programma rapporteert het resultaat van die verificatiestap.

Pph Gerelateerde software