Prodar Zoeken PDB-bestanden voor kandidaat-eiwitstructurele uitlijningen
Download nu

Prodar Rangschikking & Samenvatting

Prodar Tags

eiwit volgorde Pdb Eiwituitlijning

Prodar Beschrijving

Prodar, ook bekend als de eiwitradar is gebouwd als een zoektool die het PDB vraagt voor kandidaat-structurele uitlijningen. De invoer naar de zoekopdracht is een eiwitbackbone-structuur die is gelezen van een standaard (tekst) PDB-bestand en de geretourneerde resultaten zijn uitsluitend gebaseerd op structurele gelijkenis van de backbone zonder enig verband op sequentie-informatie. Prodar identificeert gedeeltelijke overeenkomsten, zodanig dat een relatief klein deel van de querystructuur kan worden gekoppeld tegen secties van andere structuren in het PDB, ongeacht de relatieve grootte van de ketens. De bedoeling is dat het gereedschap automatisch gemeenschappelijke domeinen en motieven identificeert in anderszins ongelijke eiwitstructuren. Deze kunnen dan structureel uitgelijnd zijn in een ander hulpmiddel om een RMSD te vinden (Prodar doet alleen suggesties).

Prodar Gerelateerde software