Protest Selectie van best-fit modellen van eiwitevolutie.
Download nu

Protest Rangschikking & Samenvatting

Protest Tags

simulatie fit eiwit Evolution Simulator evolutie uitlijning eiwitidentificatie Eiwitkristallisatie eiwit translocatie goedheid van fit evolutie simuleren analyseren evolutie Fit armatuur Valideer gereglementeerd eiwit Evolutie van organismen Eiwitevolutie Eiwittest Eiwituitlijning eiwitdichroïsme Eiwitstructuren Eiwitresten Eiwitbrowser eiwit bekijken eiwitevolutie simuleren Protein Evolution Simulation Convergente evolutie Parallelle evolutie MKDV Evolution render eiwit Beheer de eiwit-databank Eiwit-vizualistisch

Protest Beschrijving

Protest (Modeltest's familielid) is een programma voor het selecteren van het model van eiwitevolutie dat het beste bij een gegeven set van reeksen (uitlijning) past. Modellen die zijn opgenomen zijn empirische substitutiematrices (zoals WAG, LG, MTREV, DAYHOFF, DCMUT, JTT, VT, BLOSUM62, CPREV, RTREV, MTMAM, MTART, HIVB en HIVW) die de relatieve tarieven van aminozuurvervanging en specifieke verbeteringen aangeven (+ I: onveranderlijke sites, + G: rate heterogeniteit tussen sites, + F: waargenomen aminozuurfrequenties) om rekening te houden met de evolutionaire beperkingen die mogelijk zijn door instandhouding van eiwitstructuur en -functie. Protest gebruikt het Akaike Informatiecriterium (AIC) en andere statistieken (AICC en BIC) om te vinden welke van de kandidaat-modellen het beste bij de gegevens bij de hand past. Geef Protest A Probeer zijn capaciteiten volledig te beoordelen!

Protest Gerelateerde software