RDM-cirkels Een programma om de vergelijkende analyse van de RNA-secundaire structuur te automatiseren
Download nu

RDM-cirkels Rangschikking & Samenvatting

RDM-cirkels Tags

analyse structuur RNA-batch RNA tweede installatie ondergeschikt comparatief RNA-wereld RNA NAAR AMINOACID RNA-polymerase RNA-structuur Vergelijkende analyse fylogenetische analyse structuur analyse Bekijk RNA-secundaire structuur RNA secundaire structuurviewer RNA-structuurvisualisatie Automatiseer analyseprocedure RNA-SEQ-gegevensanalyse Decoderen RNA-structuur secundair programma RNA secundaire structuur vergelijkende kaartviewer RNA-sequentie-analyse Teken secundaire RNA-structuur Maak RNA-structuur RNA-structuur generator secundaire structuurvoorspelling vergelijkende genomica-viewer visualiseer vergelijkende genomica RNA secundaire structuren RNA-analyse vergelijkende gegevens analyseren Vergelijkende gegevensanalyse hersenstructuuranalyse RNA Alignment Periodieke structuuranalyse Data Structure Analyse RNA Ontology Consortium RNA ruggengraat nomenclatuur voortgezet onderwijs Vergelijkende diagrammen

RDM-cirkels Beschrijving

De toepassing RDM Cirkels is ontworpen om een experimenteel Windows-programma te zijn voor het afleiden van de RNA-secundaire structuur met behulp van de vergelijkende methode. Vergelijkende analyse is de voorkeurswerkwijze voor het afleiden van de RNA-secundaire structuur, maar het gebruik ervan vereist aanzienlijke expertise en handmatige inspanning. Omdat het belang van secundaire structuur voor nauwkeurige sequentie-uitlijning en fylogenetische analyse in toenemende mate wordt gerealiseerd, wordt de behoefte aan secundaire structuurmodellen voor diverse taxonomische groepen dringend. Maximale gewichtsvergelijking (MWM) is grafische theoretische benadering om de secundaire structuur van RNA af te leiden die een aanzienlijke belofte toont. Het duurt zoals ingevoerd, een set base-koppelingsscores die kunnen worden afgeleid van een reeks bronnen, zoals gratis energieoverwegingen, wederzijdse informatie of experimentele gegevens. Deze gegevens kunnen worden weergegeven als een vouwgrafiek waarbij de hoekpunten uitlijnposities zijn, en de lijnen of randen die een paar hoekpunten verbinden, krijgt een gewicht evenredig aan de hoeveelheid bewijs voor die koppeling. Een bijpassende is een subgraph van de vouwgrafiek waarin geen vertex is verbonden met meer dan één andere vertex. De bijpassende met het grootste totale randgewicht is de beste schatting van de RNA-structuur. Deze bijpassende kan informatie bevatten over zowel secundaire als tertiaire structuur, zoals pseudoknots. MWM kan het proces van vergelijkende structuuranalyse van RNA-sequenties aanzienlijk versnellen en is succesvol getest op TRNA, SRP RNA en 16S RRNA-sequenties.

RDM-cirkels Gerelateerde software