Rate4site Een programma voor het detecteren van geconserveerde aminozuursites
Download nu

Rate4site Rangschikking & Samenvatting

Rate4site Tags

detecteren detector zuur Zure titratie zuur lettertype bestand Hider detectie Zure transactie nucleïnezuuranalyse Meerdere sequentie uitlijning vind aminozuur aminozuurzoeker aminozuur zoeken Aminozuuranalysator Aminozuursequentie aminozuur aminozuur vertaler zuur thema Extract-aminozuur zuuroplossing aminozuurresidu optimaal aminozuur nucleïnezuursequentie Analyse aminozuur Nucleïnezuur analyseer het aminozuurpaar aminozuren paar analyse Aminozuursequentie-analyse analyseer aminozuursequentie aminozuurclassificatie Aminozuur topologie Amino-zure detector detecteren aminozuur vind geconserveerde mirna geconserveerde mirnazoeker zoek geconserveerd mirna analyseren aminozuurketen zuurlussen Zure transacties zure pro ACID PRO 7 JAR-bestand mobiel sc4lot simcity 4 Software Crocodile Architect frutloop pc converteren sd2f PST-kijker open Pino-videospin 1.1 Nokia N70 softweare nero dolby r primo pdf-schrijver ati vga x300e gratis bubblet voor

Rate4site Beschrijving

Rate4Site is ontwikkeld om een programma te zijn voor het detecteren van geconserveerde aminozuursites door het relatieve evolutionaire tarief voor elke site in de uitlijning van meerdere sequentie (MSA) te berekenen. Overzicht: De evolutie van de evolutie is niet constant onder aminozuursites: sommige posities evolueren langzaam en worden vaak aangeduid als "geconserveerd", terwijl anderen snel evolueren en worden "variabele" genoemd. De tariefvariaties komen overeen met verschillende niveaus van zuiverende selectie die op deze sites handelen. De zuiveringsselectie kan het gevolg zijn van geometrische beperkingen op het vouwen van het eiwit in zijn 3D-structuur, beperkingen bij aminozuurlocaties die betrokken zijn bij enzymatische activiteit of in ligandbinding of, alternatief, bij aminozuursites die deelnemen aan interacties van eiwit-eiwit . Rate4Site berekent het relatieve evolutionaire tarief op elke site met behulp van een probabilistisch gebaseerd evolutionair model. Hierdoor kunnen rekening worden gehouden met de stochastische proces die ten grondslag ligt aan de evolutie van sequentie in eiwitfamilies en de fylogenetische boom van de eiwitten in het gezin. De instandhoudingscore op een site komt overeen met het evolutionaire tarief van de site. Methodologie: De enige verplichte input om te beoordelen4Site is een MSA-bestand. Het programma berekent vervolgens een fylogenetische boom die consistent is met de beschikbare MSA (de gebruiker kan ook een vooraf berekende boom invoeren). Het berekent vervolgens de relatieve instandhoudingscore voor elke site in de MSA. Dit wordt uitgevoerd met behulp van een empirische Bayesiaanse methode of een maximale waarschijnlijkheidsmethode (Pupko et al., 2002).

Rate4site Gerelateerde software