SSA Een programma voor het afleiden van maximale waarschijnlijkheidsfylogenies uit DNA-sequenties
Download nu

SSA Rangschikking & Samenvatting

SSA Tags

moleculair volgorde DNA-sequentie DNA moleculaire analyse hiërarchische waarschijnlijkheid DNA-sequenties bewerken DNA Sequences Editor DNA-sequentiesanalyse analyse DNA-sequenties uitgelijnde DNA-sequenties DNA-sequenties simuleer de fylogenies Phylogenies-simulatie schat grote fylogenies grote fylogenies-schatting Grote fylogenies-analyse moleculaire klok maximum likelihood allel

SSA Beschrijving

SSA is ontwikkeld om een programma te zijn voor het afleiden van maximale waarschijnlijkheidsfylogenies uit DNA-sequenties. Twee versies van het programma zijn beschikbaar: een die een moleculaire klok veronderstelt en een die deze aanname niet maakt. De methode voor het zoeken van de ruimte van bomen voor de ML-boom is gebaseerd op een gesimuleerd algoritme met gesimuleerd gloeitype en wordt beschreven in de bovenstaande referentie. Het programma implementeert Felsenstein's F84-model van nucleotide-substitutie en bijbehorende submodellen. Het programma schat de ML-boom- en filiaallengtes en kan optioneel de transversie / transversie-ratio schatten. Bij beëindiging retourneert het programma de K-bomen van de hoogste waarschijnlijkheid die tijdens het zoeken is gevonden, waar K door de gebruiker kan worden ingesteld.

SSA Gerelateerde software