Simcoal Simuleer moleculaire genetische diversiteit met behulp van deze tool.
Download nu

Simcoal Rangschikking & Samenvatting

Simcoal Tags

Analyseren simulatie simuleren genetische verandering Genetisch systeem genetische informatie Volgorde diversiteit Molecular Biology Tool Diversiteitsanalyse Diversiteitsanalysator diversiteit Simuleer moleculaire dynamiek analyseer genotypische diversiteit Genotypische diversiteitsanalyse Gendiversiteit simuleer genetische kaart toegang tot genomische diversiteit simuleren genetische diversiteit genetische diversiteitssimulatie Moleculaire genetische diversiteit haploïde populatie mutatie simuleren moleculair genetisch genetische differentiatie

Simcoal Beschrijving

SIMCOAL is handig, eenvoudig te gebruiken applicatie speciaal ontworpen om u te helpen moleculaire genetische diversiteit te simuleren in een willekeurig aantal haploïde populaties die worden onderzocht voor een set volledig gekoppelde loci. Het is gebaseerd op de retrospectieve coalescente benadering die aanvankelijk wordt beschreven door Kingman (1982b; 1982a), en duidelijk blootgesteld in een reeks andere papieren (Ewens 1990; Hudson 1990; Donnelly en Tavaré 1995). De Coal-Coalcent Backward-aanpak simuleert de genetische geschiedenis van de hele bevolking niet, zoals in conventionele voorwaartse simulaties, maar reconstrueert het genealogie (coalescentie) van monsters van genen van verschillende demes in een populatie. Voor neutrale genen hangt dit coalescentieproces in wezen af van de geschiedenis en op de demografie van de bevolking, en is onafhankelijk van het mutatieproces. Dit programma simuleert mutaties die beginnen met de meest recente gemeenschappelijke voorouder (MRCA) van alle genen in het monster en voeg ze onafhankelijk toe op alle takken van de genealogie die uitgaande van een uniform en constant poisson-proces. Met behulp van deze tweestaps (coalescentmutatie) benadering kunnen vele replicates van haploïde monsters van DNA-sequenties, RFLP of Microsatellite-gegevens zeer snel worden gesimuleerd. De analyse van een groot aantal gesimuleerde monsters maakt het mogelijk om de empirische verdeling van praktisch elke statistiek te verkrijgen die kan worden afgeleid van genetische gegevens, waaronder statistieken waarvoor geen analytische afleiding beschikbaar is (HUDSON 1993). Typische toepassingen van het programma omvatten de studie van het effect van complexe demografieën over het patroon van genetische diversiteit binnen en tussen populaties, zoals in het geval van knelpunten, complexe gevallen van mengsel of metapophulsystemen. Hoewel deze toepassing haploïde monsters van genen of haplotypes genereert, kunnen diploïde gegevens worden gegenereerd onder de hypothese van Hardy-Weinberg-evenwicht door willekeurige paren haplotypes te maken om diploïde genotypen te vormen

Simcoal Gerelateerde software