StepP: SVM-techniek voor het evalueren van proteotypische peptiden Toepassing voor het evalueren van proteotypische peptiden
Download nu

StepP: SVM-techniek voor het evalueren van proteotypische peptiden Rangschikking & Samenvatting

StepP: SVM-techniek voor het evalueren van proteotypische peptiden Tags

evalueren evaluatie Blader door peptiden peptide Kwantificeer ICPL-gelabelde peptiden Kwantificeren MALDI peptiden kwantificeren peptiden proteotypisch peptide SVM-techniek Peptide-evaluatie Evaluatie van Codon-gebruik evaluatie

StepP: SVM-techniek voor het evalueren van proteotypische peptiden Beschrijving

StepP is een geavanceerd hulpprogramma dat is ontworpen om een score te berekenen die vertegenwoordigt hoe "proteotypisch" een peptide is door LC-MS. Het programma kan een eiwitbestand lezen, een in-silico-digestie uitvoeren en de waarnemingscore berekenen voor elk tryptisch of gedeeltelijk tryptisch peptide. Merk op dat grotere (positieve) scores betekenen dat een peptide wordt voorspeld dat ze meer proteotypisch zijn, terwijl lagere (negatieve) scores betekenen dat het peptide niet wordt voorspeld als proteotypisch. Het SVM-model dat wordt gebruikt door StepP is een eenvoudige descriptorruimte op basis van 35 eigenschappen van aminozuurgehalte, lading, hydrofiliciteit en polariteit voor de kwantitatieve voorspelling van proteotypische peptiden. Het model werd getraind en gevalideerd met drie onafhankelijk afgeleide AMT-databases (Shewanella Oneidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). De SVM resulteerde in een gemiddelde nauwkeurigheidsmaatregel van ~ 0,8 met een standaardafwijking van minder dan 0,025.

StepP: SVM-techniek voor het evalueren van proteotypische peptiden Gerelateerde software