Triplec Een programma om consensusbomen te construeren van geroote triples
Download nu

Triplec Rangschikking & Samenvatting

Triplec Tags

volgorde volgordegenerator constructeur construeren Lock file bestand Hider overeenstemming consensussequentie van eiwitten consensussequentie Construct Program verminderde consensusmethode consensusboomviewer Sequence Constructor construct sequentie triples N-Triples messenger buitenissig jar-software Gegevensinvoerpraktijk Video-editor Nokia filmformaat compressor Nokia 6120 fakkel Gratis tv C300 bon echo mac

Triplec Beschrijving

Triplec is ontwikkeld om een programma te zijn om consensusbomen te bouwen van geroote triples. Gebruik java -jar triplec.jar noreps infile.newick Hier is NOBEP's het aantal drievoudige reconstructies om te gebruiken voor de consensus. Dit is vereist omdat de wederopbouw een gerandomiseerd algoritme is. Voor kleine bomen van ongeveer 20 taxa is 1000 replicaten genoeg. Maar grotere aantallen moeten worden gebruikt voor grotere datasets. Infile.newick is een tekstbestand met één Newick Tree per regel. De bomen worden beschouwd als geworteld en elke boom moet alleen de taxa-labels van de eerste boom bevatten. Dat is bomen na de eerste mogen geen nieuwe taxa bevatten. Hoewel het geen fout is om bomen te hebben met minder taxa dan de eerste boom als onderdeel van de consensus, is deze methode geen super-boommethode. Prestaties onder deze omstandigheden zijn niet getest en we verwachten slecht zouden presteren.

Triplec Gerelateerde software