Voorouder conclusie van voorouderlijke aminozuursequenties door de op afstand gebaseerde Bayesiaanse methode
Download nu

Voorouder Rangschikking & Samenvatting

Voorouder Tags

volgorde Bayesiaans inferentiemachine Fuzzy gevolgtrekking systeem vind aminozuur aminozuurzoeker aminozuur zoeken Aminozuuranalysator Aminozuursequentie aminozuur aminozuur vertaler inferentieprobleem Extract-aminozuur variatie-inferentie Bayesiaanse netwerk editor Bewerk Bayesiaanse netwerk gevolgtrekking haplotype gevolgtrekking Gevolgtrekker fylogenetisch Bayesiaanse analisis Bayesiaanse methode implementatie Bayesiaanse methode aminozuurresidu Op afstand gebaseerde analyse optimaal aminozuur Phylogeny-inferentie Ancestral Gene Cluster Ancestral Gene Analyse aminozuur analyseer het aminozuurpaar aminozuren paar analyse grote fylogeny-inferentie Aminozuursequentie-analyse analyseer aminozuursequentie aminozuurclassificatie Aminozuur topologie Boom topologie Amino-zure detector detecteren aminozuur analyseren aminozuurketen voorouderlijke

Voorouder Beschrijving

De vooroudertoepassing is ontworpen om voorouderlijke aminozuursequenties af te leiden van een set homologe aminozuursequenties waarvan de fylogenetische relaties bekend zijn. Dit pakket bevat één programma: Ancestor.exe, dat is geschreven in C-taal. Om het programma te gebruiken, hebt u een invoerbestand nodig dat de aminozuursequenties en de boomtopologie van deze sequenties bevat (zie Lysozyme.AA voor een voorbeeld). Dit bestand begint met twee nummers: het aantal sequenties en het aantal aminozuursites (volglengte). De tweede regel is de naam van de eerste reeks en de derde regel is de eerste reeks, enzovoort. Alleen het ene lettercode (geactiveerd) voor de 20 aminozuren zijn toegestaan in de reeksen. De sequenties moeten worden uitgelijnd en hiaten of andere symbolen worden al verwijderd. De laatste regel van het bestand is de boomtopologie van de sequenties. Het boomformaat is hetzelfde als die wordt gebruikt in Phylip-pakket (Felsenstein 1995). Merk op dat de boom niet-ontgroeid is, dus de trap in plaats van bediening is vereist voor het diepste vertakkingsknooppunt

Voorouder Gerelateerde software