 | VplgBereken en visualiseer eiwitgrafieken |
| Download nu | |
Vplg Rangschikking & Samenvatting
Advertentie
Vplg Tags
Vplg Beschrijving
VPLG, of visualisatie van protein-ligandgrafieken is een hulpmiddel dat een grafiek gebaseerd model gebruikt om de structuur van eiwitten op het niveau van de super-secundaire structuur te beschrijven. Een grafiek van de eiwit-ligand wordt berekend uit de atoomcoördinaten in een PDB-bestand en de opdrachten van secundaire structuur van het DSP-algoritme. In deze grafiek vertegenwoordigen hoekpunten secundaire structuurelementen (SSES, b.v. meestal alfa-helices en bèta-lakens) of ligandmoleculen terwijl de randen modelleercontacten en ruimtelijke betrekkingen tussen hen. VPLG is geschreven in Java met behulp van de Apache Batik-bibliotheek voor SVG-uitgang en kan op meerdere platforms worden uitgevoerd. Belangrijkste kenmerken: leest 3-dimensionale atoomgegevens van PDB-bestanden en secundaire structuuropdrachten van DSSP-bestanden berekent een grafiek van de eiwit-ligand uit de gegevens en visualiseert de grafiek Ondersteunt de uitvoer van de grafiekafbeeldingen in bitmap (.png) en vector (.SVG) -indelingen Exporteert Protein-Ligand-grafieken in een vlak tekstbestand in zijn eigen formaat (.PLG) dat gemakkelijk te bewerken, ontleden en genereren met een computerprogramma kan eiwitgrafieken lezen en rechtstreeks visualiseren van .PLG-bestanden
Vplg Gerelateerde software
