Wh Een computerprogramma dat de fitting van een speciatiemodel uitvoert
Download nu

Wh Rangschikking & Samenvatting

Wh Tags

Dell Computer Model volgorde normaal bovendeel DNA-sequentie passend DNA-analyse DNA stochastische fitting parapatrisch speciatie Isolatiemodel isolatie gegevensfitting oppervlakte fitting

Wh Beschrijving

WH is ontwikkeld om een computerprogramma te zijn dat de fitting van een speciatiemodel uitvoert en tests van de kwaliteit van het geschikte model geleidt. Het speciatiemodel wordt het isolatiemodel genoemd en is één zonder genstroom. Met vergelijkende DNA-sequentiegegevens van elk van de twee nauw verwante soorten, maakt de methode een schatting van de tijd sinds speciatie en de grootte van de voorouderlijke soort. Het isolatiemodel veronderstelt het volgende: - Twee soorten of populaties, waarvan de gegevens zijn bemonsterd, ontstonden voort uit een enkele voorouderlijke soorten of bevolking, enige tijd, T-generaties, in het verleden. - de gemeenschappelijke voorouderlijke soorten of bevolking was van constante effectieve maat NA. - de twee afstammelingen (populaties) hebben respectievelijk constante effectieve afmetingen N1 en N2. - Behalve het moment van bevolkingsscheiding op tijdstip zijn de bevolkingsmaten constant. - Sinds bevolkingsscheiding is er een nul-genstroom tussen de soort (populaties). - Alle mutaties zijn neutraal. Het programmabestand zou in dezelfde map moeten verblijven als het gegevensbestand of in een map die automatisch door het besturingssysteem wordt doorzocht. Het programma kan worden uitgevoerd met behulp van opdrachtregelparameters, of door eenvoudig de naam van het programma te typen ('WH'). Als de opdrachtregelparameters niet worden gebruikt, vraagt het programma om de waarden van runtime-parameters. De gebruiker start het programma gewoon door naar de map te gaan waar het gegevensbestand bestaat en de naam van het programma (bijvoorbeeld 'sites') wordt gevolgd, gevolgd door de ENTER-toets. Het programma vraagt verschillende vragen over het gegevensbestand en de gewenste analyse. Bijna alle opdrachten en opties kunnen ook worden ingevoerd met behulp van opdrachtregelparameters. Het programma kan worden gestart met of zonder het gebruik van instructies op de opdrachtregel. Zonder instructies voor opdrachtregel - typ gewoon 'WH' bij de prompt. Het programma zal om basisinformatie vragen. Op een PowerPC opent u op het programmapictogram een klein venster waarin opdrachtregelparameters kunnen worden ingevoerd. De gebruiker kan ook net geretourneerd raken op dit punt en het programma zal runtime-parameters aanvragen. Opdrachtregelparameters: Type en ENTER WH -D'DATAFILENAME '-R'RESULTSFILENAME' -N'NUMSIMS '-L'LDTYPE' -A'RANSEED ' Waar: 'Datafilename' is de naam van een gegevensbestand dat zich in dezelfde map bevindt als het programma 'FileFileName' is de naam van het bestand dat wordt gemaakt om de resultaten te bevatten. Het resultatenbestand wordt gegenereerd met een uitbreiding van '.WH' 'Numsims' is een geheel getal van het aantal simulaties dat moet worden uitgevoerd. Basic Model-fitting vereist geen simulaties. Als deze waarde niet nul of leeg is, moet het gegevensbestand de nodige informatie hebben over recombinatietarieven. 'LDTYPE' vertelt het programma welk type koppelingsongevolkingswaarde om te berekenen. Deze optie vereist dat simulaties worden gedaan en dat het gegevensbestand informatie bevat over recombinatie en waargenomen LD-waarden. 'Ldtype' moet overeenkomen met de maat van bindingsonevenwicht gebruikt om de datafile genereren. 'Ldtype' kan op de volgende waarden aannemen: R beroep doet op de correlatiecoëfficiënt 'S' r ^ 2 oproept, het kwadraat van de correlatiecoëfficiënt 'D' roept het fundamentele gametische onevenwichtigheid maatregel D 'P' roept het D' die gelijk is aan D / Dmax, waarin Dmax de maximale waarde van D gezien de waargenomen allel frequenties. 'B' zich beroept op de absolute waarde van D, | D | 'Ranseed' is een willekeurig getal zaad en is in principe niet nodig, tenzij de gebruiker wil simulaties precies te herhalen.

Wh Gerelateerde software