pknotsrg

RNA vouwen en thermodynamisch matching-hulpprogramma.
Download nu

pknotsrg Rangschikking & Samenvatting

Advertentie

  • Rating:
  • Vergunning:
  • Freeware
  • Naam uitgever:
  • BiBiServ
  • Besturingssystemen:
  • Windows All
  • Bestandsgrootte:
  • 936 KB

pknotsrg Tags


pknotsrg Beschrijving

PnknotsRG is een hulpmiddel voor het vouwen van RNA-secundaire structuren, waaronder de klasse van eenvoudige recursieve pseudoknots. Het programma werkt in O (N ^ 4) en O (N ^ 2) ruimte, daarom is de toepassing hier op de BibiServ beperkt tot sequenties van lengte tot 800 basen. De energieparameters voor structuren die geen pseudoknots bevatten, zijn hetzelfde als in de werkelijke MFold 3.1. De vouwtemperatuur is bevestigd aan 37c. Momenteel zijn er drie verschillende modi beschikbaar: PnknotsRG-MFE: berekent de structuur van S (geknoopt of niet) van minimale vrije energie. PnknotsRG-ENF: dwingt een pseudoknot: het levert de energetisch beste volledige structuur van S die ergens minstens één pseudoknot omvat. PnknotsRG-LOC: levert de beste lokale pseudoknot die element kan zijn van elke structuur van S, waar "het beste" wordt gedefinieerd door vrije energie per nucleotide. De rest van S blijft uitgevouwen Ontvang PnknotsRG en neem het voor een draai om te zien wat het voor u kan doen!


pknotsrg Gerelateerde software