Asgrafiek Asgard is een metabole rekwasreconstructiesoftware.
Download nu

Asgrafiek Rangschikking & Samenvatting

Asgrafiek Tags

metabole route pathway reconstructie Biologische sequentie-annotatie metabolisch weg wederopbouw

Asgrafiek Beschrijving

Asgard is een metabole reconstructiesoftware. Asgard is een metabole rekwijkwederopbouwsoftware, maar genereert ook andere soorten biologische sequentieannotatie (GO-nummers, Blast-rapporten). Asgard-tool is bedoeld om te worden uitgevoerd in Unix-achtige systemen en ondersteunt SGE of PBS.AsGard en de documentatie wordt vrijgegeven onder de GNU GPL V.3 en GNU FDL v. 1.2 (zie DOC / KOPIOPENING EN DOC / DOC_LICENSE VOOR DE Licenties). Hoewel Emboss wordt ook vrijgegeven onder de GPL, de broncode is niet inbegrepen bij Asgard, omdat de meegeleverde binaries zonder modificatie van het origineel zijn gecompileerd. Als u de broncode voor splitter wilt, neem dan contact met mij op of verkrijg deze rechtstreeks van de reliëf-distributie. Raadpleeg de handleiding (DOC / ASG_MANUAL.PDF) in de map / DOC voor meer informatie over het installeren en gebruiken van Asgard en bijbehorende hulpprogramma's. : -V Geeft programmakversie en uitgangen weer; -H geeft dit hulpbericht en uitgangen weer; dit programma kan worden uitgevoerd, beginnend met lange DNA-sequenties of DNA- of eiwitsequenties van het GEN. -W Gebruik deze optie als u kleine sequenties hebt om annotaat te annoteren - ze zullen niet worden verbroken in kleinere sequenties voor de ontploffing. (Standaard: Lange sequenties) - GFF-bestand is niet gemaakt, -G en -S worden genegeerd; -B BLAST EERSTE ONGEVALLEN DOOR ALLEEN DB EN STOP (geen metabole reconstructie); -Q Start vanaf de tweede stap van de pijplijn (explosie tegen algemene DB eerder gedaan); -Z alleen de laatste stap van de pijpleiding (tweede, "omgekeerde" ontploffing al gedaan); verplicht: -i Fasta-bestand met de sequentie (en) die u wilt annoteren; -P Blast-programma om te gebruiken, een van Blastn, Blastp, Blastx, TBLASTN of TBLASTX (raadpleeg de BLAST-documentatie als u niet weet welke te gebruiken); -d Blast-database die moet worden gebruikt (gegenereerd door FORMATDB, zie Blast Docs; voor metabole reconstructies, deze database is ideaal afgeleid van SwissProt; alleen voor algemene explosies, zal elke database het doen); * -F-bestand met FASTA-sequenties die overeenkomen met de BLAST-database; -L Locatie van het in kaart brengen van bestanden, die nodig is voor de laatste stap van reconstructie (-Z); optionele: -E-E-waarde die moet worden gebruikt in Blast-zoekopdrachten (standaard: 1E-6); -P Dien geen taken in aan het plannen van software (PBS / SGE); -J Maximaal aantal hits om terug te keren in elke BLAST-zoekopdracht (10); -M-uitvoerformaat voor ontploffingsresultaten (alleen geldig voor -b, standaard: 8); -S-maat om de oorspronkelijke volgorde te doorbreken, als u geen (500 bp) gebruikt; -N-aantal knooppunten om te gebruiken voor explosie, eerste iteratie (10); -A Aantal processors per knooppunt om te gebruiken voor elke Blast-opdracht (1); -K Intermediaire bestanden (Blast-databases en resultaten) houden), is standaard het verwijderen - ze kunnen veel ruimte kosten. -B Alle aanvullende parameters die u voor het ontploffing wilt gebruiken, moet dit worden omringd door aanhalingstekens (dubbel of single), zoals "-F F" of '-F F', bijvoorbeeld of de uitvoer is verkeerd.

Asgrafiek Gerelateerde software