BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader is een GFF3-bestandslader voor BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel.
Download nu

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader Rangschikking & Samenvatting

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader Tags

Perl-module Lader GFF3 loader Gff3

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader Beschrijving

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader is een GFF3-bestandslader voor BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel. BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader is een GFF3-bestandslader voor BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel.Synopsis Gebruik Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel; # Open de sequentiedatabase My $ DB = BIO :: DB :: SEQFEATURE :: WINDING-> NIEUW (-ADAPTOR => 'DBI :: MYSQL', -DSN => 'DBI: MYSQL: Test', -Write => 1); Mijn $ loader = BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader-> Nieuw (-Store => $ dB, -verbose => 1, -Fast => 1); $ loader-> load ('./ my_genome.gff3'); The Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader Object Parsers GFF3-formaat Sequence Annotatiebestanden en loads BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel-databases . Voor bepaalde combinaties van SEQFEATURE-klassen en SEQFEATURE :: Winkel-databases bevat het een "Fast Load" -modus die het laden van GFF3-databases met een factor van 5-10 aanzienlijk versnelt. Het GFF3-bestandsformaat is zeer licht uitgebreid om bio te ontvangen: : DB :: SEQFEATURE :: Winkel. Ten eerste is de loader erkent, is een nieuwe richtlijn: # # Index-subvullingen Merk op dat u een spatie tussen de twee # 's kunt plaatsen om te voorkomen dat GFF3-validatoren van klagen. Als dit waar is, zijn subvissies geïndexeerd (de standaardinstelling) zodat ze kunnen worden opgehaald met een query. Zie Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel voor een verklaring hiervan. Indien, dan kunnen subvissuren alleen via hun ouderfunctie worden geopend. De standaardinstelling is om alle subfidesures te indexeren.Seconde, de loader herkent een nieuwe attribuutlabel genaamd Index, die indien aanwezig, controleert indexering van de huidige functie. Voorbeeld: CTG123. Tf_binding_site 10001012. +. ID = TFBS00001; INDEDE INDEX = 1U kunt dit gebruiken om indexering in en uit te zetten, de standaardinstelling voor een bepaalde functie overschrijven. Nieuwe titel: nieuw gebruik: $ loader = BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader-> Nieuw (@options) Functie: Maak een nieuwe Parser Retourners: A BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader GFF3 PARDER EN LOADER AGS: Verschillende - Zie hieronder Status: PublicThse methode maakt een nieuwe GFF3-lader en legt de verbinding met Een BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel-database. Argumenten zijn -naam => $ VALUE PARES Zoals beschreven in deze tabel: Naamwaarde ---- ----- -Store een beschrijfbaar bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel Database Handvat. -Seqfeature_class de naam van het type BIO :: SEQFEATUREI-object om in de database te maken en op te slaan in de database (BIO :: DB :: SEQFEATURE Standaard) -SF_Class Een kortere alias voor -seqfeature_class -verbose Verstuur voortgangsinformatie naar standaardfout. -Fast, indien waar, activeer snel laden (zie hieronder) -Chunk_Size Set de opslagstroomgrootte voor nucleotide / eiwitsequenties (standaard 2000 bytes) -TMP duiden op een tijdelijke map om te gebruiken bij het laden van niet-genormaliseerde functies. REQUIRINGEN: · Perl-vereisten: · Perl

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader Gerelateerde software