BIO :: PHYLO :: IO BIO :: PHYLO :: IO PERL-module bevat invoer en uitvoer van fylogenetische gegevens.
Download nu

BIO :: PHYLO :: IO Rangschikking & Samenvatting

BIO :: PHYLO :: IO Tags

Perl-module gegevens IO fylogenetisch Phylogenetische gegevens invoergegevens

BIO :: PHYLO :: IO Beschrijving

BIO :: PHYLO :: IO PERL-module bevat invoer en uitvoer van fylogenetische gegevens. BIO :: PHYLO :: IO PERL-module bevat invoer en uitvoer van fylogenetische gegevens. Synopsis Gebruik BIO :: PHYLO :: IO; # Het parseren van een boom uit een Newick-string My $ tree_string = '(((a, b), c), d); Mijn $ Boom = BIO :: PHYLO :: IO-> PARSE ('-String' => $ Tree_String, # Oude Parser, voegt altijd de knoopbare labels '-Format' => 'Newick',) -> eerst toe; # LET OP: NEWICK PARSERS KOMEN # 'BIO :: PHYLO :: FOREST'! Bel # -> eerst om de eerste # boom van het bos op te halen. # prints 'bio :: Phylo :: Forest :: Boom' Print Ref $ Boom, "N"; # Het parseren van een tafel Mijn $ tabel_string = QQ (A, 1,2 | B, 1,2 | C, 2,2 | D, 2,1); Mijn $ MATRIX = BIO :: PHYLO :: IO-> PARSE ('-String' => $ tabel_string, '-Format' => 'tabel', # gegevenstype, zie bio :: PHYLO :: PARSERS :: TABEL ' -Type '=>' Standaard ', # Veldscheider' -Fieldep '=>', ', # Lijnscheider' -LINESEP '=>' | '); # prints 'bio :: PHYLO :: MATRICES :: MATRIX' PRINT REF $ MATRIX, "N"; # Het parseren van een lijst met taxa, mijn $ taxa_string = 'A: B: C: D'; My $ TAXA = BIO :: PHYLO :: IO-> PARSE ('-String' => $ taxa_string, '-Format' => 'belastinglijst', '-Fieldep' => ':'); # prints 'bio :: PHYLO :: TAXA' PRINT REF $ TAXA, "N"; # komt overeen met taxonnamen in boom tot $ taxa-object $ tree-> crosseReferentie ($ taxa); # Evenzo voor matrix $ matrix-> kruis_referentie ($ taxa); Afdrukken BIO :: PHYLO :: IO-> PUNGEN (# Pass the Tree Object, # Crossreferced to Taxa, welke # CrossResticced to the Matrix '-Phylo' => $ Boom, '-Format' => 'Pagel'); # Drukt een PAGEL-gegevensbestand af: # 42 # A, N1,0.000000,12 # B, N1,0.000000,12 # N1, N2,0.000000 # C, N2,0.000000.2,2 # N2, N3 , 0.000000 # D, N3.00000000,2,1 Vereisten: · Perl

BIO :: PHYLO :: IO Gerelateerde software