BIO :: TARMIO BIO :: TARMIO is een handler voor alignio-indelingen.
Download nu

BIO :: TARMIO Rangschikking & Samenvatting

BIO :: TARMIO Tags

Perl-module perl handelaar Alignio-handler Bio alignio Alignio

BIO :: TARMIO Beschrijving

Bio :: Tarlightio is een handler voor alignio-indelingen. BIO :: TARTIO is een handler voor alignio-indelingen. Synopsis Gebruik Bio :: EARNILE; $ InputFileName = "Testaln.fasta"; $ IN = BIO :: EARNIO-> NIEUW (-FILE => $ INPUTFILENAME, '-FORMAT' => 'FASTA'); $ out = bio :: alignio-> nieuw (-file => "> out.aln.pfam", '-Format' => 'PFAM'); # Opmerking: we citeren -Format om oudere PerL's te behouden van het klagen. terwijl (mijn $ ALN = $ in-> next_Aln ()) {$ out-> write_Aln ($ ALN); } #Or gebruiken BIO :: TARMIO; $ InputFileName = "Testaln.fasta"; $ IN = BIO :: EARNIO-> NEWFH (-File => $ InputFileName, '-Format' => 'FASTA'); $ out = bio :: alignio-> newfh ('- formaat' => 'pfam'); # World's Shortest FastAPFAM-formaat Converter: Print $ Out $ _ Terwijl; Bio :: Tarlineio is een handlermodule voor de indelingen in de alignio-set (bijv. Bio :: EARNIO :: FASTA). Het is de officieel gesanctioneerde manier om bij de uitlijningsobjecten te krijgen, die de meeste mensen zouden moeten gebruiken. De resulterende uitlijning is een BIO :: uitlijnen :: Aligni Compliant Object. Zie bio :: uitlijnen :: Aligni voor meer informatie. Het idee is dat u een streamobject voor een bepaald formaat aanvraagt. Alle streamobjecten hebben een idee van een intern bestand dat wordt gelezen of geschreven. Een bepaald alignio-object-exemplaar is geconfigureerd voor invoer of uitvoer. Een specifiek voorbeeld van een stream-object is de BIO :: TARTIO :: FASTA-OBJECT.ESTE STREAM-object heeft functies $ stream-> next_Aln (); en $ stream-> write_Aln ($ ALN); ook $ stream-> type () # Retourneert 'ingang' of 'Output'as een toegevoegde bonus, kunt u een filehandle die is vastgebonden aan het Oltio-object, zodat u de standaard- en afdrukactiviteiten kunt gebruiken om reeksobjecten te lezen en te schrijven: BIO :: EARNIO; # lezen van standaard ingang $ stream = bio :: alignio-> newfh (-Format => 'fasta'); terwijl ($ ALN =) {# iets doen met $ ALN} en print $ stream $ ALN; # Wanneer stream in uitvoer is, maakt Modethis de eenvoudigste ooit hergrapping #! / USR / LOCAL / BIN / PERL $ FORMAT1 = SHIFT; $ FORMAT2 = SHIFT || Die "Gebruik: Reformat Format1 Format2 Output"; Gebruik Bio :: Inlinio; $ in = bio :: alignio-> newfh (-Format => $ indeling1); $ out = bio :: alignio-> newfh (-Format => $ indeling2); # OPMERKING: Misschien wilt u een offerte geven aan -Format om # oudere PERL's van het klagen te houden. Print $ out $ _ Terwijl <$ in>; alignio.pm is gevormd op de module Seqio.pm en deelt de meeste functies van SEQIO.PM. Een significant verschil is dat alinea.pm meestal io voor slechts een enkele uitlijning tegelijk behandelt (SEQIO.PM handelt io voor meerdere sequenties in een enkele stroom.) De belangrijkste reden hiervoor is dat, terwijl tegelijkertijd meerdere sequenties een gebruikelijk is Vereiste, gelijktijdige afhandeling van meerdere uitlijningen is dat niet. De enige huidige uitzondering is Formaat "BL2SEQ" die de resultaten van het Blast BL2SEQ-programma parerteert en die verschillende uitlijnparen kan produceren. Deze set uitlijnelementen paren kan worden gelezen met behulp van meerdere oproepen next_aln.Capability IO langer dan één meervoudige uitlijning - niet voor bl2seq format - (die gebruik voor bepaalde toepassingen zoals voor IO Pfam bibliotheken kunnen worden) kunnen worden opgenomen in de toekomst. Om deze reden houden we de naam "Next_Aln ()" voor de uitlijningangroutine, ook al wordt in de meeste gevallen slechts één uitlijning (of geschreven) tegelijkertijd gelezen en kan de naam "Read_Aln ()" geschikt zijn. Vereisten: · Perl

BIO :: TARMIO Gerelateerde software