BIO :: TOOLS :: GUESSSEQFORMAT Een module voor het bepalen van het sequentienummer van de inhoud van een bestand, een string of via een filehandle
Download nu

BIO :: TOOLS :: GUESSSEQFORMAT Rangschikking & Samenvatting

BIO :: TOOLS :: GUESSSEQFORMAT Tags

Perl-module perl formaat reeks Sequence-indeling filehandle koord

BIO :: TOOLS :: GUESSSEQFORMAT Beschrijving

Een module voor het bepalen van het sequence-formaat van de inhoud van een bestand, een string of via een filehandle BIO :: TOOLS :: GuessSeQFormat is een PERL-module voor het bepalen van het reeksformaat van de inhoud van een bestand, een string, of via een filehandle.synopsis # om het formaat van een plat bestand te raden, een bestandsnaam wordt gegeven: Mijn $ gisser = BIO :: TOOLS :: GUESSSEQFORMAT-> NIEUWE (-FIEL => $ Bestandsnaam); mijn $ format = $ gisselaar-> gok; # Om het formaat te raden van een reeds open bestand: mijn $ gisser = bio :: tools :: gissseqformat-> nieuw (-fh => $ filehandle); mijn $ format = $ gisselaar-> gok; # Als de filehandle aanvraagbaar is (stdin is dat niet), wordt het # geretourneerd naar de oorspronkelijke positie. # Om het formaat van een of meerdere regels tekst (met # ingebouwde newlines) te raden: mijn $ gisser = bio :: Tools :: gissseqformat-> Nieuwe (-text => $ regelsoftext); mijn $ format = $ gisselaar-> gok; # Om een BIO :: Tools :: GuessSeQFormat-object te maken en de # bestandsnaam, filehandle of lijn in te stellen om achteraf te parsen: mijn $ guiper = BIO :: TOOLS :: gissseqformat-> nieuw (); $ gisser-> bestand ($ bestandsnaam); $ gisselaar-> fh ($ filehandle); $ gisselaar-> tekst ($ regelsoftext); # Om in één keer te raden, b.v. Een bestandsnaam: MY $ FORMAT = BIO :: TOOLS :: GUESSSEQFORMAT-> NIEUW (-FILE => $ Bestandsnaam) -> Guess; Bio :: Tools :: Radenseqformat probeert het formaat te raden ("Zwitsers", "PIR", "Fasta" enz.) Van de sequentie of MSA in een bestand, in een scalaire of via een filehandle.De gok () Methode van een BIO :: TOOLS :: GuessSeQFORMAT-object zal de gegevens, regel per regel onderzoeken, totdat vindt een regel waarnaar slechts één formaat kan worden toegewezen. Als er geen overtuigend raden kan worden gemaakt, wordt UNDEF geretourneerd. Als de BIO :: TOOLS :: GuessSeQFORMAT-object een filehandle wordt gegeven dat is, wordt deze op de oorspronkelijke positie van de Guess () methode gerestaureerd. Vereisten: · Perl

BIO :: TOOLS :: GUESSSEQFORMAT Gerelateerde software