Bio :: Affymetrix :: CDF BIO :: Affymetrix :: CDF is een PERL-module om Affymetrix CDF-bestanden te parseren.
Download nu

Bio :: Affymetrix :: CDF Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Affymetrix :: CDF Tags

Perl-module parese Parse Affymetrix CDF bestanden parseren Affymetrix

Bio :: Affymetrix :: CDF Beschrijving

BIO :: Affymetrix :: CDF is een PERL-module om Affymetrix CDF-bestanden te parseren. BIO :: Affymetrix :: CDF is een PERL-module om Affymetrix CDF-bestanden te parseren.synopsisuse Bio :: Affymetrix :: CDF; # parseer de CDF filemy $ CDF = NIEUW BIO :: Affymetrix :: CDF ({"Probemode" => 0 }); $ CDF-> PARSE_FROM_FILE ("FOO.CDF"); # Vind enkele leuke feiten over deze chip TypePrint $ CDF-> Rijen (). ",". $ CDF-> COLS (). "N"; Print $ CDF-> -versie (). "N"; # Print alle Probeset-namen op deze chip Typeforeach My $ I (KEYS% {$ CHP-> PROBESSETS}) {Print $ ChP-> Probesets -> {$ i } -> Naam (). "N"; } Het Affymetrix-microarray-systeem produceert bestanden in verschillende indelingen. Als dit niets voor u betekent, zijn deze modules waarschijnlijk niet voor u :). Deze module parseert CDF-bestanden. Gebruik deze module als u meer wilt weten over het ontwerp van een Affymetrix Genechip, of u hebt het object voor een ander van de modules in dit pakket nodig .All van de BIO :: Affymetrix-modules parseren een bestand volledig in het geheugen. U hebt daarom voldoende geheugen nodig om deze objecten vast te houden. Voor sommige toepassingen kan het parseren als een stroom passender zijn - hopelijk geeft de bron aan deze modules voldoende aanwijzingen om dit een gemakkelijke taak te maken. Met name deze module kost veel geheugen als probe-informatie ook wordt opgeslagen (ongeveer 150 MB). Geheugengebruik is niet te diep (ongeveer 15 MB) als de informatie van de sonde niveau is weggelaten. You Can.Control Dit door Setting ProMemode => 1 of ProMemode => 0 in de constructor. U kunt deze modules ook gebruiken om CDF-bestanden te schrijven (met behulp van de Write_To_FileHandle-methode). Zie compatibiliteit voor een aantal belangrijke kantloenen. Vereisten: · Perl

Bio :: Affymetrix :: CDF Gerelateerde software