Bio :: Beperking :: Enzyme BIO :: Beperking :: Enzyme is een enkele restrictie-endonuclease (snijdt DNA op specifieke locaties).
Download nu

Bio :: Beperking :: Enzyme Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Beperking :: Enzyme Tags

Perl-module bio restrictie-enzym restrictie-endonuclease Beperking

Bio :: Beperking :: Enzyme Beschrijving

BIO :: Beperking :: Enzyme is een enkele restrictie-endonuclease (snijdt DNA op specifieke locaties). BIO :: Beperking :: Enzyme is een enkele restrictie-endonuclease (snijdt DNA op specifieke locaties). Synopsis # instellen een enkel restrictie-enzym. Dit bevat veel # informatie over het enzym dat over het algemeen is geparseerd uit een #-rebase-bestand en kan dan worden gelezen, bio bio :: beperking :: enzym; # Definieer een nieuw enzym met de snijsequentie mijn $ re = nieuwe bio :: beperking :: enzym (-benyme => 'EcoRi', -seq => 'g ^ aattc'); # Zodra de reeks is gedefinieerd, is een stel spullen berekend # voor u: #### Precalculated # Vind waar het enzym na ... My $ Ca = $ Re-> Cut; # ... en waar het op de tegenovergestelde streng snijdt, mijn $ oca = $ re-> complementair_cut; # Krijg de snijsequentierecht terug. # Merk op dat site de reeks terugstuurt met een verzekering van een verzachting van mijn $ met_caret = $ re-> site; #returns 'g ^ aattc'; # maar het is ook een bio :: primarseq object .... mijn $ zonder_caret = $ re-> seq; # retourneert 'Gaattc'; # ... en dus string $ zonder_caret = $ re-> string; #returns 'Gaattc'; # Wat is de omgekeerde complement van de snijplaats mijn $ RC = $ RE-> REVCOM; # retourneert 'Gaattc'; # nu de herkenningslengte. Er zijn twee typen: # erkenning_length () is de lengte van de reeks # cutter () schatting van snijfrequentie My $ Recog_Length = $ Re-> erkenning_Length; # Returns 6 # Retourneert ook 6 in dit geval, maar zou terugkeren # 4 voor GANNTC en 5 voor RGATCY (BSTX2I)! $ recog_length = $ re-> snijder; # is de reeks een palindrome - dezelfde voorwaartse en achteruit mijn $ PAL = $ re-> palindroom; # Dit is een Boolean # is de sequentie bot (d.w.z. geen overhang - de voorwaartse en achteruit # cuts zijn hetzelfde) Print "BLUNDN" als $ Re-> Overhang EQ 'botte'; # Overhang kan drie waarden hebben: "5 '", "3'", "bot", en undef # richting is erg belangrijk als je Klenow gebruikt! mijn $ oh = $ re-> overhang; # wat is de overhangsequentie mijn $ ohseq = $ re-> overhang_seq; # zal 'Aatt' terugkeren; # is de sequentie dubbelzinnig - bevat het niet-gatc-bases? mijn $ ambig = $ re-> is_ambiguous; # dit is boolean print "spullen over de enzylencuts na: $ kan", "complementaire cut: $ ocansite: nt $ with_caret orn", "t $ zonder_caretn"; Afdrukken "Omgekeerd van de reeks: $ RCNECOTHERLEND LENGTE: $ Recog_Lengthn", "is het Palindromic? $ BULN"; Print "De overhang is $ oh met sequentie $ ohseqn", "en is het dubbelzinnig? $ Ambignn"; ### Dingen die u kunt instellen en krijgen van Rich Rebase File # krijgen of de isoschizomers instellen (enzymen die dezelfde # site herkennen) $ re-> isoschizomers ('PVUII', 'SMAI'); # niet echt waar :) Print "isoschizomers zijn", join "", $ re-> isoschizomeren, "N"; # Krijg of stel de methyleringssites $ opnieuw instellen met methylatie_sites (2); # Niet echt waar :) Print "gemethyleerd bij", join "", sleutels% {$ re-> methylation_sites}, "N"; #Ket of stel de bronmicrobe $ re-> microbe ('e. Coli') in print "het kwam van", $ re-> microbe, "n"; # Krijg of stel de persoon die het is op $ re-> bron ("Rob"); # niet echt waar :) Print $ re-> bron, "stuurde het naar un"; # Krijgen of stellen of het in de handel verkrijgbaar is en het bedrijf # dat het kan worden gekocht bij $ re-> verkopers ('NEB'); # Mijn favoriete print "is in de handel verkrijgbaar:"; Print $ re-> verkopers? "Ja nee"; Print "en het kan van", lid worden "", $ re-> verkopers, "N"; # Krijg of stel een referentie voor deze referentie-referentie ('Edwards et al. J. Bacteriologie'); Print "Het is niet gepubliceerd in", $ re-> referentie, "n"; # Krijg of stel de enzymnaam $ Re-> naam ('BAMHI') in. Print "De naam van EcoRI is niet echt", $ re-> naam, "N"; deze module definieert een enkele restrictie-endonuclease. U kunt het gebruiken om aangepaste restrictie-enzymen te maken en het wordt gebruikt door BIO :: Beperking :: IO om enzymen in de New England Biolabs Rebase Collection.gebruik te definiëren BIO :: Beperking :: Analyse om te achterhalen welke enzymen beschikbaar zijn en waar ze knippen je reeks. Vereisten: · Perl

Bio :: Beperking :: Enzyme Gerelateerde software