Bio :: Boom :: Compatibel BIO :: BOOM :: Compatibel is een PERL-module voor het testen van de compatibiliteit van fylogenetische bomen met geneste taxa.
Download nu

Bio :: Boom :: Compatibel Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Boom :: Compatibel Tags

fylogenetisch fylogenetische bomen bomen geneste taxa Compatibiliteitstest

Bio :: Boom :: Compatibel Beschrijving

Bio :: Boom :: compatibel is een perl-module voor het testen van de compatibiliteit van fylogenetische bomen met geneste taxa. Bio :: Boom :: compatibel is een perl-module voor het testen van compatibiliteit van fylogenetische bomen met geneste taxa.Synopsis Gebruik Bio :: Boom :: compatibel; Gebruik Bio :: Treeio; Mijn $ ingang = NIEUW BIO :: TREEIO ('- formaat' => 'Newick', '-File' => 'Input.tre'); mijn $ t1 = $ ingang-> next_tree; mijn $ t2 = $ ingang-> next_tree; mijn ($ incompat, $ ilabels, $ inodes) = $ t1-> is_compatibel ($ T2); if ($ incompat) {mijn% cluster1 =% {$ t1-> cluster_representation}; mijn% cluster2 =% {$ t2-> cluster_representation}; Print "incompatibele bomenn"; if (scalaire (@ $ ilabels)) {foreachy my $ label (@ $ ilabels) {mijn $ node1 = $ t1-> find_node (-Id => $ label); Mijn $ NODE2 = $ T2-> Find_Node (-Id => $ -etiket); mijn @ c1 = sorteren @ {$ cluster1 {$ node1}}; mijn @ c2 = sorteren @ {$ cluster2 {$ node2}}; Print "Label $ -etiket"; Print "Cluster"; Kaart {print "", $ _} @ C1; Print "Cluster"; Kaart {print "", $ _} @ C2; print "n"; }} if (scalaire (@ $ inodes)) {terwijl (@ $ inodes) {mijn $ node1 = shift @ $ inodes; mijn $ node2 = shift @ $ inodes; mijn @ c1 = sorteren @ {$ cluster1 {$ node1}}; mijn @ c2 = sorteren @ {$ cluster2 {$ node2}}; Print "Cluster"; Kaart {print "", $ _} @ C1; Print "Correctly snijdt cluster"; Kaart {print "", $ _} @ C2; print "n"; }}} anders {print "compatibele bomenn"; } Bio :: Boom :: Compatibel is een Perl-tool voor het testen van de compatibiliteit van fylogenetische bomen met geneste taxa vertegenwoordigd als BIO :: Boom :: Tree-objecten. Het is gebaseerd op een recente karakterisering van de voorouderlijke compatibiliteit van halfgeleken bomen in termen van hun cluster-representaties. Een semi-geëtiketteerde boom is een fylogenetische boom met een deel van de interne knooppunten, en het kan een classificatieboom als een Phylogenetische boom met geneste taxa, met gelabeld interne knooppunten die overeenkomen met taxa op een hoger niveau van aggregatie of nestelen dan die van hun afstammelingen. Semi-gelabelde bomen zijn compatibel als hun topologische beperkingen van de gemeenschappelijke labels zodanig zijn dat voor elk knooppuntlabel, De kleinste clusters die het in elk van de bomen bevatten, vallen samen en bovendien snijdt geen cluster in een van de bomen op de juiste manier een cluster van de andere boom. Future extensies van BIO :: Tree :: Compatibel omvatten een Bio :: Boom :: Supertree Module voor het combineren van compatibele fylogenetische bomen met geneste taxa in een gemeenschappelijke supertree. Vereisten: · Perl

Bio :: Boom :: Compatibel Gerelateerde software