Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: BDB BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: BDB kan voorwerpen ophalen en op te slaan van een BerkeleyDB.
Download nu

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: BDB Rangschikking & Samenvatting

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: BDB Tags

database Perl-module perl winkel objecten Berkeleydb BerkeleyDB databank

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: BDB Beschrijving

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel: BDB kan voorwerpen ophalen en opslaan van een BerkeleyDB. BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel: BDB kan ophalen en opslaan van objecten van een Berkeleydb.bioperl is een pakket Public Domain Perl-tools voor Computational Molecular Biology.Alle modules zijn in de Bio / NameSpace, · Perl is voor nieuwkomers en geeft een functionele interface aan de hoofdonderdelen van het pakket · SEQ is voor sequenties (eiwit en DNA). · BIO :: BABRIKELESEQ is een gewone reeks (sequentiegegevens + ID's) · BIO :: SEQ is een primairseq plus BIO :: annotatie :: Verzameling en een BIO :: SEQFEATUREI-objecten bijgevoegd. · Bio :: SEQ :: Richseq is al het bovenstaande plus het heeft slots voor extra informatie die specifiek is voor Genbank / EMBL / SwissProt-bestanden. · BIO :: SEQ :: Largeseq is voor sequenties die te groot zijn voor het passen in het geheugen. · SEQIO is voor het lezen en schrijven van sequenties, het is een frontmodule voor afzonderlijke stuurprogramma-modules die de verschillende sequentie-indelingen ondersteunen · SEQFEATURE · Start / Stop / Strand Annotations of Sequenties · Bio :: SEQFEATURE :: Generic is basic Catchall · BIO :: SEQFEATURE :: Gelijksoortigheid een vergelijkingssequentie f Eature · BIO :: SEQFEATURE :: FUNCTIEPAIR Een sequence-functie die koppopend is, zoals query / hitparen · Searchio is voor het lezen en schrijven van paarsgewijze uitlijnrapporten zoals Blast of Fasta · Zoeken is waar de uitlijningsobjecten zijn gedefinieerd · BIO :: Zoeken: : Resultaat :: GenericResult is het resultaatobject (een Blast-query is een resultaatobject) · Bio :: Zoeken :: Hit :: Generichit is het hit-object (een query heeft 0-> veel hits in een database) · Bio: : Search :: HSP :: Generichsp is het hoog scorende segmentpaar-object dat de uitlijning (en) van de query definieert en hit. · Simmealign is voor meerdere sequentie-uitlijning · Telineo is voor het lezen en schrijven van meerdere sequentie-uitlijningsindelingen · Assemblage biedt het begin van een infrastructuur voor assemblages en assembly :: IO io-converters voor hen · DB is de naamruimte voor alle database-query-objecten · BIO :: DB :: Genbank / Genpeppe zijn twee modules welke vraag NCBI Entrez voor Sequences · Bio :: DB :: SwissProt / EMBL Vraag verschillende EMBL en Swissvert Repositories voor een sequenties · BIO :: DB :: GFF is Lincoln Stein's Fast, Lichtgewicht Feature en Sequence-database die de backend is bij zijn GBrowse-systeem (zie www.gmod.org) · Bio :: DB :: Flat is een snelle implementatie van het OBDA Flat-File Indexing System (cross-taal en cross-platform ondersteund door O | B | F Projecten Zie http://obda.open-bio.org). · Bio :: DB :: Biofetch / DBFETCH VOOR OBDA, WEB (HTTP) Toegang tot externe databases. · BIO :: DB :: InmemoryCache / Filecache (snelle lokale caching van reeksen van externe DBS om uw toegang te versnellen). · Bio :: DB :: Register-interface naar de OBDA-specificatie voor externe gegevensbronnen · BIO :: DB :: XEMBL zeep toegang tot reeksdatabases · BIO :: DB :: BIBLIO voor toegang tot externe bibliografische databases. · Annotatie Verzameling van annotatie. Objecten (opmerkingen, dblinkinks, referenties en misc-toets / waardeparen) · Coördinaat is een systeem voor het in kaart brengen van verschillende coördinatensystemen zoals DNA tot eiwit of tussen assemblies. · Index is voor lokaal geïndexeerde flatfiles met BerkeleyDB · Tools bevat veel diverse parsers en functie voor verschillende bio-informatica-behoeften · Gene Voorspelling Parser (GESSCAN, MZEF, GRAIL, GRAILIARKER) · ANNOTATION-indeling (GFF) · Simuleer restrictie-enzymsnijden met restrictenzym · Verbeding van codontabellen en geldige sequenties Symbolen (Codebontabel, IUPAC) · Phylogenetisch programma parseren ( PAML, MOLPHY, PHYLIP) · Kaart Genetische en fysieke kaartvertegenwoordigingen · Graphics render een reeks met zijn functies of een reeks analyse-resultaat. · Structuur · parseren en vertegenwoordigen eiwitstructuur e data · TreeIO is voor het lezen en schrijven van boomformaten · boom is de naamruimte voor alle bijbehorende boomobjecten · BIO :: Boom :: Boom is het Basic Tree Object · Bio :: Boom :: Knooppunten zijn de knooppunten die de knooppunten vormen Boom · Bio :: Tree :: Statistieken is voor het berekenen van statistieken voor een boom · BIO :: Boom :: TreeFunctionsi is waar specifieke boomfuncties worden geïmplementeerd (zoals is_monofyletic en lca) · BIO: Biblio is waar bibliografische gegevens en database-toegangsobjecten Zitten worden gehouden · Variatie vertegenwoordigen sequenties met mutaties en variaties die worden toegepast, zodat men wild-type en mutatieversies van een reeks kan vergelijken en weergeven. · Root, basisvoorwerpen voor de internals van BioperLrequirements: · Perl-vereisten: · Perl

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: BDB Gerelateerde software