Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel is een PERL-module voor opslag en ophalen van sequentie-annotatiegegevens.
Download nu

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel Rangschikking & Samenvatting

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel Tags

opslag Perl-module reeks annotatie Annotatie Gegevensopslag haal annotatiegegevens op

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel Beschrijving

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel is een PERL-module voor opslag en ophalen van sequentie-annotatiegegevens. BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel is een PERL-module voor opslag en ophalen van sequentie annotatiegegevens. Synopsis Gebruik Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel; # Open de functie-database My $ DB = BIO :: DB :: SEQFEATURE :: WINDING-> NIEUW (-ADAPTOR => 'DBI :: MYSQL', -DSN => 'DBI: MYSQL: Test', -Write => 1); # Krijg een functie van ergens Mijn $ Feature = BIO :: SEQFEATURE :: Generic-> Nieuw (...); # Bewaar het $ db-> winkel ($ functie) of sterven "kon niet opslaan!"; # Primaire ID van de functie wordt gewijzigd om de primaire ID # in de database aan te geven ... My $ ID = $ Feature-> Primary_ID; # Krijg de functie terug mijn $ f = $ db-> fetch ($ id); # Wijzig de functie en update het $ f-> start (100); $ DB-> Update ($ F) of Die "Kon niet updaten!"; # Zoeken ... # ... door id my @features = $ db-> fetch_many (@list_of_ids); # ... op naam @features = $ db-> get_features_by_name ('ZK909'); # ... door alias @features = $ db-> get_features_by_alias ('SMA-3'); # ... op type @features = $ db-> get_features_by_name ('gen'); # ... op locatie @Features = $ DB-> Get_features_By_Location (-Seq_ID => 'CHR1', - Start => 4000, -END => 600000); # ... by attribuut @features = $ db-> get_features_by_attribute ({beschrijving => 'eiwit kinase'}) # ... door het veld GFF "Opmerking" @result_list = $ db-> search_notes ('kinase'); # ... door willekeurige combinaties van selectors @features = $ db-> functies (-Name => $ naam, -type => $ typen, -seq_id => $ seqid, -start => $ start, -end => $ einde, -attributes => $ attributen); # ... met behulp van een iterator mijn $ iterator = $ db-> get_seq_stream (-naam => $ naam, -type => $ typen, -seq_id => $ seqid, -start => $ start, -end => $ einde, -attributes => $ attributen); Terwijl (mijn $ functie = $ iterator-> next_seq) {# doe iets met de functie} # ... beperken van het zoeken naar een bepaalde regio mijn $ segment = $ db-> segment ('Chr1', 5000 => 6000) ; Mijn @Features = $ segment-> functies (-type => ); # Het krijgen en opslaan van sequentie-informatie # WAARSCHUWING: dit retourneert een touwtje, en geen primarseq-object $ DB-> Insert_-dequentie ('CHR1', 'GATCCCCGGGATTCCAAAA ...'); mijn $ sequence = $ db-> fetch_quate ('Chr1', 5000 => 6000); # Maak een nieuwe functie in de database My $ Feature = $ db-> new_feature (-primary_tag => 'mRNA', -SEQ_ID => 'chr3', -start => 10000, -end => 11000); # Laad een heel GFF3-bestand, met behulp van de GFF3-loader ... My $ Loader = BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel :: GFF3Loader-> NIEUW (-STORE => $ DB, -VERBONDING => 1, -Vast => 1); $ loader-> belasting ('./ my_genome.gff3'); Vereisten: · Perl

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Winkel Gerelateerde software