Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmenten BIO :: GRAFIEK :: Glyph :: Segmenten is een PERL-module die de glyph van de 'segmenten' conateert.
Download nu

Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmenten Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmenten Tags

Perl-module Segmenten glyph bioperl segmenten glyph Bioperl Graphics

Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmenten Beschrijving

Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmenten is een Perl-module die de glyph van de 'segmenten' conateert. BIO :: GRAFIEK :: Glyph :: Segmenten is een Perl-module die de "segmenten" Glyph.Synopsis zie, zie L EN L . Deze Glyph wordt gebruikt voor tekenfuncties die uit discontinue segmenten bestaan. In tegenstelling tot "Graded_segments" of "Uitlijning" zijn de segmenten een uniforme kleur en niet afhankelijk van de score van het segment.THODDSDIS-module overschrijft de MAXDEPTH () -methode om 1 te retourneren 1, tenzij expliciet wordt gespecificeerd door de optie -Maxdepth. Dit betekent dat modules erven van segmenten alleen zullen worden gepresenteerd met één niveau van subvissuren. Naar de MAXDEPTH () -methode om meer niveaus te krijgen. Inties De volgende opties zijn standaard bij alle glyphs. Zie Bio :: Graphics :: Glyph voor een volledige uitleg. Optie Beschrijving Standaard ------- ------------ ------- -Fgkleur-voorgrond Kleur Zwart -OutlineColor Synoniem Voor -FgColor -Bgkleur Achtergrondkleur Turquoise -VillColor Synoniem voor -Bgolor - LineBidth Line Breedte 1 -Hoogte Hoogte van Glyph 10-Voor Glyph Lettertype GDSMallFont-Connector-connector Type 0 (FALSE) -Connector_Color Connector Kleur Zwart -Label Of u een label wilt tekenen 0 (FALSE) -decriptie Of u een beschrijving wilt tekenen 0 (FALSE) -Strand_Irow Of geef aan te geven 0 (FALSE) Strandedness -Hilite Highlight Color Undef (No Color) Bovendien worden de volgende glyph-specifieke opties erkend: -DRAW_DNA Als TRUE, tekent de DNA-resten 0 (FALSE) wanneer vergrotingsniveau het toelaat. -Draw_target Als True, trek de DNA-resten 0 (FALSE) van de doelvolgorde wanneer vergrotingsniveau toestaat. Zie "Afstemming weergeven". -Draw_protein_target Als True, teken de eiwitresten 0 (FALSE) van de doelvolgorde wanneer vergrotingsniveau toestaat. Zie "Afstemming weergeven". -Geplaatst_extra in combinatie met -Draw_target, 0 (FALSE) Teken extra bases buiten het einde van de uitlijning. De waarde is het maximale aantal extra basen. Zie "Afstemming weergeven". -Geagde_start verouderde optie. Gebruik in plaats daarvan -Sragged_extra in plaats daarvan -show_mismatch in combinatie met -Draw_target, 0 (FALSE) benadrukt niet-overeenkomende basen in de mismatchekleur. Zie "Afstemming weergeven". -Mismatch_Color De Mismatch Color om 'Lightgrey' -True_Target te gebruiken Toon het doel DNA in zijn oorspronkelijke 0 (false) (Plus Strand) -oriëntatie, zelfs als de uitlijning naar de minstreng is. Zie "Afstemming weergeven". -Reelign poging om sequenties te herstellen bij 0 (FALSE) High MoL om rekening te houden met Indelen. Zie "Afstemming weergeven". Als de vlag van de -Draw_DNA op een echte waarde is ingesteld, wordt wanneer de vergroting hoog genoeg is, de onderliggende DNA-sequentie wordt getoond. Deze optie is onderling exclusief met -Draw_target. Zie Bio :: Graphics :: Glyph :: Generic voor meer informatie. De -Draw_target, -Geel_Extra, en -Show_Mismatch-opties werken alleen met SEQFEATURES die de hit () methode (BIO :: SEQFEATURE :: gelijkenisspaar) implementeren. -Draw_target zal ervoor zorgen dat het DNA van de hit-sequentie wordt weergegeven wanneer de vergroting hoog genoeg is om individuele bases te laten trekken. De optie-3TE_EXTRA zorgt ervoor dat de uitlijning met de extreme einden door het aangegeven aantal basen wordt uitgebreid en is handig voor het zoeken naar polyas en klonende locaties aan de uiteinden van Ests en CDNA's. -Show_mismatch veroorzaakt niet-overeenkomende basen die moeten worden gemarkeerd met de kleur die wordt aangegeven door -mismatch_color (standaard lightgray) .at hoge vergrotingen, minus Strand-overeenkomsten worden automatisch weergegeven als hun omgekeerde aanvulling (zodat de wedstrijd dezelfde volgorde heeft als de plusstreng van het bron-DNA). Als u liever de daadwerkelijke volgorde van het doelwit ziet zoals deze op de min-streng verschijnt, stelt u -True_target in op True.Note -Tue_target heeft de tegenovergestelde betekenis van -canonical_strand, die wordt gebruikt in combinatie met -DRAW_DNA om minus Strand te gebruiken functies alsof ze op het plusstreng verschijnen. Vereisten: · Perl

Bio :: Graphics :: Glyph :: Segmenten Gerelateerde software