Bio :: Graphics :: Panel BIO :: Graphics :: Panel is een PERL-module om GD-afbeeldingen van BIO :: SEQ-objecten te genereren.
Download nu

Bio :: Graphics :: Panel Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Graphics :: Panel Tags

Perl-module genereren Gd GD-afbeeldingen genereren

Bio :: Graphics :: Panel Beschrijving

Bio :: Graphics :: Panel is een Perl module om GD beelden van Bio :: SEQ objecten te genereren. Bio :: Graphics :: Panel is een Perl module om GD beelden van Bio :: Seq objects.SYNOPSIS # Dit script ontleedt een GenBank of EMBL bestand met de naam op de opdrachtregel # lijn en produceert een PNG weergave ervan te genereren. Noem het als volgt uit: # render.pl my_file.embl | weergave - use strict; Gebruik Bio :: Graphics; Gebruik BIO :: SEQIO; mijn $ file = shift of sterven "zorgen voor een opeenvolging bestand als het argument"; mijn $ io = Bio :: SeqIO-> new (-file => $ bestand) of sterven "kan niet aanmaken Bio :: SeqIO"; mijn $ seq = $ io-> next_seq of sterven "kan een sequentie in het bestand niet vinden"; mijn @features = $ SEQ-> all_SeqFeatures; # Sorteren beschikt door hun primaire labels mijn% sorted_features; voor mijn $ f (@features) {my $ tag = $ f-> primary_tag; push @ {$ sorted_features {$ label}}, $ f; } My $ panel = Bio :: Graphics :: Configuratiescherm-> new (-lengte => $ SEQ-> lengte, -key_style => 'tussen', -breedte => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10); $ Panel-> add_track (pijl => Bio :: SeqFeature :: generieke-> new (-begin => 1, -end => $ SEQ-> lengte), -bump => 0, -double => 1, - tick => 2); $ Panel-> add_track (generieke => Bio :: SeqFeature :: generieke-> new (-begin => 1, -end => $ SEQ-> lengte), -glyph => 'generiek', -bgcolor => ' blue', -label => 1); # Algemene geval mijn @colors = qw (cyaan oranje blauw paars groen chartreuse magenta geel turquoise); mijn $ idx = 0; voor mijn $ tag (sorteersleutels% sorted_features) {my $ kenmerkt = $ sorted_features {$ label}; $ Panel-> add_track ($ features, -glyph => 'generiek', -bgcolor => $ kleuren , -fgcolor => 'black', -font2color => 'rood', -toets = > "$ {tag} s", -bump => 1, -Hoogte => 8, -label => 1, -beschrijving => 1); } Print $ panel-> png; $ Panel-> afgewerkt; exit 0; De klasse Bio :: Graphics :: paneel geeft tekenen en opmaken van diensten voor elk object dat implementeert de Bio :: SeqFeatureI-interface, met inbegrip van Ace :: Sequence :: Feature en Das :: Segment :: Feature objecten. Het kan worden gebruikt om sequentie annotaties, fysieke (contig) kaarten, of elk ander type kaart, waarbij een reeks afzonderlijke trajecten moeten worden uitgevoerd op het aantal line.The module omschreven trekken ondersteunt tekeningsstijl waarin elk type element bezet discreet "track" dat overspant de breedte van het scherm. Elk nummer zijn eigen specifieke "glyph", een configureerbare grafische weergave van de feature.The module ondersteunt een soepeler stijl waarin verschillende typen objecten en de bijbehorende tekens hetzelfde spoor kan innemen. De keuze van glyph onder runtime control.Semantic zoomen (bijvoorbeeld het veranderen van het type glyph afhankelijk van de dichtheid van kenmerken) wordt ondersteund door een callback voor Configuratievariabelen. De module heeft een ingebouwde ondersteuning voor Bio :: Das stylesheets en-stylesheet gedreven configuratie kan worden vermengd met semantische zoomen, als desired.You een sleutel kan toevoegen aan de gegenereerde afbeelding met behulp van een van de twee belangrijkste stijlen. Een stijl plaatst de sleutel bijschriften aan de bovenkant van elke track. De andere stijl genereert een grafische sleutel aan de onderkant van de image.Note dat deze module is afhankelijk van GD. De optionele SVG uitgang hangt af van GD :: SVG en SVG.Requirements: · Perl Vereisten: · Perl

Bio :: Graphics :: Panel Gerelateerde software