Bio :: Graphics Genereer GD-afbeeldingen van BIO :: SEQ-objecten
Download nu

Bio :: Graphics Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Graphics Tags

Perl-module perl afbeeldingen Gd GD-afbeeldingen

Bio :: Graphics Beschrijving

Genereer GD-afbeeldingen van BIO :: SEQ-objecten Bio :: Graphics is een Perl-module om GD-afbeeldingen van BIO :: SEQ Objects.Synopsis te genereren # Dit script genereert een PNG-afbeelding van een 10k-regio met een # Set van rode functies en een reeks blauwe functies. Noem het als volgt: # Red_and_Blue.pl> Redblue.png # U kunt nu de afbeelding bekijken met uw favoriete image-applicatie # dit script parseert een Genbank- of EMBL-bestand met de naam op de opdracht # LINE en produceert er een PNG-weergave van. Noem het als volgt: # render.pl my_file.embl | display - gebruik strikt; Gebruik Bio :: Graphics; Gebruik BIO :: SEQIO; Mijn $ bestand = verschuiving of sterven "Geef een sequentiebestand op als het argument"; My $ IO = BIO :: SEQIO-> NIEUW (-FIEL => $ Bestand) of Die "Kon Bio :: SEQIO" niet maken "; mijn $ SEQ = $ io-> next_seq of sterven "kon geen reeks in het bestand vinden"; mijn @Features = $ SEQ-> ALL_SEQFEATURES; # Sorteer functies door hun primaire tags Mijn% Sorted_Features; voor mijn $ F (@heaturen) {mijn $ tag = $ f-> primair_tag; Druk op @ {$ sorted_features {$ tag}}, $ F; } Mijn $ WHOLESEQ = BIO :: SEQFEATURE :: Generic-> Nieuw (-Start => 1, -end => $ SEQ-> lengte); Mijn $ Panel = Bio :: Graphics :: Panel-> Nieuwe (-length => $ SEQ-> lengte, -Key_style => 'Tussen', -width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10 ,); $ paneel-> add_track ($ Wholeseq, -glyph => 'pijl', -bump => 0, -double => 1, -tick => 2); $ Panel-> Add_Track ($ Wholeseq, -glyph => 'Generic', -bgkleur => 'blauw', -label => 1,); # Algemene zaak Mijn @colors = QW (cyaan oranje blauw paars groen chartreuse magenta geel aqua); mijn $ idx = 0; Voor mijn $ tag (sorteer sleutels% Sorted_features) {My $ Functies = $ Sorted_Features {$ tag}; $ PANEL-> ADD_TRACK ($ FUNCTIES, -GLYPH => 'Generic', -bgcolor => $ Kleuren , -fgcolor => 'zwart', -Font2Color => 'rood', -toets = > "$ {tag} S", -BUMP => +1, -HEIGHT => 8, -LABEL => 1, -decription => 1,); } Print $ Panel-> PNG; afslag 0; Vereisten: · Perl

Bio :: Graphics Gerelateerde software