Bio :: Index :: Fasta BIO :: INDEX :: FASTA is een PERL-interface voor het indexeren (meerdere) FASTA-bestanden.
Download nu

Bio :: Index :: Fasta Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Index :: Fasta Tags

Perl-module indexering Perl-interface bio fasta fasta indexeren

Bio :: Index :: Fasta Beschrijving

Bio :: Index :: FASTA is een PERL-interface voor het indexeren (meerdere) FASTA-bestanden. Bio :: Index :: FASTA is een PERL-interface voor het indexeren (meerdere) FASTA-bestanden.Synopsis # Volledige code voor het maken van een index voor verschillende # FASTA-bestanden Gebruik BIO :: INDEX :: FASTA; strikt gebruik; mijn $ index_file_name = shift; Mijn $ INX = BIO :: INDEX :: FASTA-> NIEUW ('-FileName' => $ INDEX_FILE_NAME, '-RWRITE_FLAG' => 1); $ INX-> MAKE_IDEX (@ARGV); # Print verschillende sequenties die aanwezig zijn in de index # in FASTA-indeling Gebruik BIO :: INDEX :: FASTA; strikt gebruik; mijn $ index_file_name = shift; Mijn $ INX = BIO :: INDEX :: FASTA-> NIEUW ('- FILENAME' => $ INDEX_FILE_NAME); Mijn $ uit = bio :: seqio-> nieuw ('- formaat' => 'fasta', '- fh' => * stdout); Foreach My $ ID (@ARGV) {My $ SEQ = $ INX-> FETCH ($ ID); # Retourneert bio :: SEQ Object $ out-> write_seq ($ SEQ); } # of, alternatief mijn $ ID; mijn $ SEQ = $ INX-> GET_SEQ_BY_ID ($ ID); #identical to fetchhinnaren functies voor het beheren van DBM-bestanden van BIO :: INDEX :: abstract.pm, en biedt de basisfondioniteit voor het indexeren van FASTA-bestanden en het ophalen van de reeks van hen. Voor de beste resultaten 'Gebruik Strik'.Bio :: Index :: FASTA ondersteunt de BIO :: DB :: BIOSEQI-interface, wat betekent dat deze kan worden gebruikt als een sequentiedatabase voor andere delen van bioperldetails op configuratie en aanvullende voorbeeldcode zijn verkrijgbaar in de Biodatabases.Pod-bestand, scripts / index / * pls en in BPTUTORIAL.PL.Note dat standaard de sleutel voor de reeks de eerste continue string zal zijn na de '>' in de fasta-header. Als u een specifieke substring van de FASTA-header wilt gebruiken, moet u de methode ID_PARSER () gebruiken. Vereisten: · Perl

Bio :: Index :: Fasta Gerelateerde software