Bio :: Nexus :: Bomenblock BIO :: NEXUS :: Bomenblock is een PERL-module die bomenblok van een Nexus-bestand vertegenwoordigt.
Download nu

Bio :: Nexus :: Bomenblock Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Nexus :: Bomenblock Tags

blok Perl-module bomen Nexus-bestand Bomenblok

Bio :: Nexus :: Bomenblock Beschrijving

BIO :: NEXUS :: Bomenblock is een PERL-module die bomenblok van een Nexus-bestand vertegenwoordigt. BIO :: NEXUS :: Bomenblock is een PERL-module die bomenblok van een Nexus-bestand vertegenwoordigt .Synopsis if ($ Type = ~ / Bomen / I) {$ Block_Object = NIEUWE BIO :: NEXUS :: BOMBLOCK ($ BLOK_TYPE, $ BLOK , $ uitgebreid); } Als een Nexus-blok een bomenblok is, parseert deze module het blok en slaat de boomgegevens op ..ThodsNew Titel: Nieuw Gebruik: Block_Object = NIEUW BIO :: NEXUS :: BOMBLOCK ($ BLOK_TYPE, $ commando's, $ uitgebreid); Functie: Creëert een nieuw BIO :: NEXUS :: BODENBLOCK-object en automatisch leest het bestandsrendement: BIO :: NEXUS :: BOMBLOCK Object Args: Type (string), de opdrachten / opmerkingen om te ontleden (array Ref) en een uitgebreide vlag (0 of 1; optioneel) Clone titel: Clone-gebruik: mijn $ newblock = $ block-> kloon (); Functie: Clone A Blokobject (ondiep) Returns: Block Object Args: Noneset_trees Titel: Set_trees Gebruik: $ Block-> Set_trees ($ bomen); Functie: Stelt de lijst met bomen in (BIO :: NEXUS :: Tree Objects) Retouren: Geen Args: Ref to Arecy of Bio :: Nexus :: Tree ObjectsAdd_Tree Titel: Add_Tree Gebruik: $ Block-> Add_Tree ($ Boom); Functie: Bomen toevoegen (BIO :: NEXUS :: Tree Object) Retouren: Geen Args: A Bio :: Nexus :: Tree ObjectAdd_Tree_From_newick Titel: add_tree_from_newick Gebruik: $ block-> add_tree_from_newick ($ newick_tree, $ tree_name); Functie: voeg een boom toe (BIO :: NEXUS :: Tree Object) Retouren: Geen Args: A Tree Tree in Newick-formaat en een naam voor de boom (Scalars) Get_trees Titel: Get_trees Gebruik: $ Block-> Get_trees (); Functie: krijgt de lijst met bomen (BIO :: NEXUS :: Tree Objects) en retourneert het Retouren: REF naar reeks van BIO :: NEXUS :: Tree Objects Args: NONGETET_TREE TITEL: GET_TREE GEBRUIK: $ BLOCK-> GET_TREE ($ TRIODAME ); Functie: krijgt de eerste boom (BIO :: NEXUS :: Tree Object) die overeenkomt met de gegeven naam of de eerste boom als $ treename niet is opgegeven. Als er geen boom overeenkomt, retourneert u undef. RETURN: A BIO :: NEXUS :: Tree Object Args: Tree Name of Noneset_Translate Titel: SET_TRANSLATE GEBRUIK: $ BLOK-> SET_TRANSLATE ($ Vertaal); FUNCTION: Sets de hash van vertalen voor knooppunten namen returns: Geen Args: hash of translatranslate titel: Vertaal gebruik: $ self-> Vertaal ($ num); Functie: vertaalt een nummer met de bijbehorende naam. Retourzendingen: Integer of String Args: Integer-methode: retourneert de naam die is gekoppeld aan de vertaalde naam van dat nummer. Als het geen associatie kan vinden, retourneert u het nummer.Reroot_tree titel: REROOT_TREE GEBRUIK: $ BLOCK-> REROOT_TREE ($ OUTGROUP, $ ROOT_POSITIE, $ TREAYAME); Functie: Reroot een boom met behulp van een OTU als nieuwe outgroep. Retourneren: Geen Args: Outgroup Name, de afstand vóór de rootpositie en Tree NAMEEREROT_ALL_TREINS TITEL: REROOT_ALL_TREES GEBRUIK: $ BLOK-> REROOT_ALL_TREES ($ OUTGROUP, $ ROOP_POSITIE); Functie: Reroot alle bomen in de bomenblock. Gebruik een OTU als nieuwe outgroup-returns: Geen Args: Outgroup Name en rootpositie Rename_OTUS Titel: Rename_OTUS GEBRUIK: $ BLOK-> RENAME_OTUS (% vertaling); Functie: Renames Nodes op basis van een vertaling Hash Retourners: Geen Args: Hash bevat Vertaling (bijv. {Old_name => NEW_NAME}) Opmerkingen: Knooppunten niet inbegrepen in vertaling Hash zijn unffectedSelect_OTUS NAAM: SELECT_OTUS GEBRUIK: $ NEXUS-> SELECT_OTUS (@Otunames ); Functie: Selecteer een subset van OTUS-returns: een nieuw Nexus-object Args: A REF naar reeks van OTU NAMESSELECT_TREEE NAAM: SELECT_TREE GEBRUIK: $ NEXUS-> SELECT_TREE ($ TRIODAME); Functie: Selecteer een boom Retourneren: een nieuw Nexus-object Args: A TOERNAMEELECT_SUBTREE NAAM: SELECT_SUBTREE GEBRUIK: $ NEXUS-> SELECT_SUBTREE ($ INODENNAME); Functie: selecteer een substree-returns: een nieuw Nexus-object Args: een interne knooppuntnaam voor subtree om te worden geselecteerdExclude_subtree Naam: Exclude_Substree Gebruik: $ Nexus-> Exclude_Subtree ($ Inodename); Functie: Verwijder een substree-rendement: een nieuw Nexus-object Args: een interne knooppunt voor substructuur als verwijderde- namen: gelijk aan het gebruik: $ Nexus-> gelijk aan ($ Functie: Vergelijk of twee Nexus-objecten gelijk zijn aan rendement: Boolean Args: A Nexus Object-vereisten: · Perl

Bio :: Nexus :: Bomenblock Gerelateerde software