Bio :: SEQ BIO :: SEQ is een sequentieobject, met functies.
Download nu

Bio :: SEQ Rangschikking & Samenvatting

Bio :: SEQ Tags

Perl-module object reeks Volgordeobject Bioperl-object

Bio :: SEQ Beschrijving

Bio :: SEQ is een sequentieobject, met functies. BIO :: SEQ is een sequentieobject, met functies.synopsis # dit is het hoofdsequentie-object in Bioperl # krijgt een reeks van een bestand $ SEQIO = BIO :: SEQIO-> NIEUW ('-Format' => 'EMBL', -File => 'myfile.dat'); $ SEQOBJ = $ SEQIO-> NEXT_SEQ (); # SEQIO kan zowel lezen als reeksen lezen en schrijven; Zie bio :: SEQIO # Voor meer informatie en voorbeelden # Krijg uit database $ db = bio :: dB :: Genbank-> NIEUW (); $ SEQOBJ = $ DB-> GET_SEQ_BY_ACC ('X78121'); # Make from strings in script $ seqobj = bio :: seq-> nieuw (-display_id => 'my_id', -seq => $ sequence_as_string); # krijgt sequentie als een tekenreeks van sequentieobject $ SEQSTR = $ SEQOBJ-> SEQ (); # werkelijke volgorde als een string $ SEQSTR = $ SEQOBJ-> subseq (10,50); # Snijd in biologische coördinaten # Haalt informatie op van de reeks # -functies MOET implementeren BIO :: SEQFEATUREI-interface @Features = $ SEQOBJ-> GET_SEQFEATURES (); # Gewoon topniveau Foreach My $ Feat (@features) {Print "-functie", $ feat-> primair_tag, "starts", $ feat-> start, "eindigen", $ feat-> einde, "Strand", $ feat -> Strand, "n"; # Kenmerken Behoud link naar onderliggende sequentieobject Afdrukken "Feature Sequence is", $ feat-> seq-> seq (), "n"} # sequenties kunnen een soort hebben als (gedefinieerde $ SEQ-> Soort) {print "sequentie is van ", $ Species-> Binomial_Name," n "; } # annotatieobjecten zijn bio :: annotationcollectioni's $ ann = $ seqobj-> annotatie (); # annotatieobject # referenties is één type annotaties om te krijgen. Krijg ook # commentaar en dblink. Kijk naar Bio :: AnnotationCollection voor # Meer informatie Foreach My $ Ref ($ Ann-> Get_annotations ('Referentie')) {Print "Referentie", $ Ref-> Titel, "N"; } # U kunt truncaties, vertalingen en omgekeerde complementen krijgen, deze # allemaal teruggeven BIO :: SEQ-objecten zelf, hoewel momenteel geen #-functies hebben overgedragen mijn $ TRUNK = $ SEQOBJ-> TRUCK (100.200); mijn $ REV = $ SEQOBJ-> REVCOM (); # Er zijn veel opties om te vertalen - bekijk de documenten mijn $ trans = $ SEQOBJ-> Vertalen (); # Deze functies kunnen samen worden geketend My $ Trans_TUNC_REV = $ SEQOBJ-> TRUNK (100.200) -> Revcom-> Translate (); een SEQ-object is een reeks met sequence-functies die erop worden geplaatst. Het SEQ-object bevat een primairSQ-object voor de feitelijke volgorde en implementeert ook de interface. In BioPerl hebben we 3 hoofdspelers die mensen vaak bio-:: primarseq gaan gebruiken - alleen de volgorde en de namen, niets anders. BIO :: SEQFEATUREI - een locatie op een reeks, potentieel met een sequentie en annotatie. BIO :: SEQ - een reeks en een verzameling reeksfuncties (een aggregaat) met een eigen annotatie. Hoewel Bioperl niet zwaar is gebonden aan bestandsindelingen Deze onderscheidingen maken deze onderscheidingen op het formaat van formaten en voor sommige bio-informatici die dit kan helpen - FASTA-bestand van een Sequence BIO :: SEQFEATUREI - een enkele invoer in een EMBL / Genbank / DDBJ-functie Tabel BIO :: SEQ - een EMBL / GENBANK / DDBJ Invoer met deze splitsing We vermijden veel vervelende cirkelvormige referenties (volgfuncties kan een verwijzing naar een reeks bevatten zonder de reeks met een verwijzing naar de sequentiefunctie). Zie Bio :: BIMALESEQ EN BIO :: SEQFEATUREI VOOR MEER INFORMATIE.IAN KORF hielp echt bij het ontwerp van het SEQ- en SEQFEATURE-systeem. Vereisten: · Perl

Bio :: SEQ Gerelateerde software