Bio :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER BIO :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER is een PERL-module die de platte lijst van genbank-sourced-functies wordt.
Download nu

Bio :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER Rangschikking & Samenvatting

Bio :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER Tags

Perl-module hiërarchie bioperl SeqFeature hiërarchie SeqFeature gereedschap Seqfeature

Bio :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER Beschrijving

BIO :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER is een PERL-module die een vlakke lijst van genbank-sourced-functies wordt. BIO :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER is een PERL-module die de platte lijst van Genbank-sourced-functies in een geneste SEQFEATUREI-hiërarchie. Synopsis # Standard / Generisch Gebruik - Unflatten A Genbank Record gebruiken BIO :: SEQIO; Gebruik bio :: SEQFEATURE :: TOOLS :: unflattener; # Genereer een Unflattener Object $ Unflattener = BIO :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER-> NIEUW; # Eerste ophalen van een Genbank SEQI Object $ SEQIO = BIO :: SEQIO-> NIEUW (-FIEL => AE003644.GBK ', -Format =>' Genbank '); mijn $ uit = bio :: seqio-> nieuw (-Format => 'asciitree'); Terwijl ($ SEQ = $ SEQIO-> NEXT_SEQ ()) {# KRIJGEN TOP-niveau UNFLATENDE SEQFEATUREI OBJECTEN $ UNFLATTENER-> UNFLATTEN_SEQ (-SEQ => $ SEQ, -USE_MAGIC => 1); $ out-> write_seq ($ SEQ); @Top_SFS = $ SEQ-> GET_SEQFEATURES; Foreach My $ SF (@TOP_SFS) {# Doe iets met functies op het hoogste niveau (bijv. Genes)}} De meeste Genbank-vermeldingen voor geannoteerd genomisch DNA bevatten een platte lijst met functies. Deze functies kunnen worden geparseerd in een equivalente platte lijst met BIO :: SEQFEATUREI-objecten met behulp van de standaard BIO :: SEQIO-klassen. Het is echter vaak wenselijk om deze lijst op te lossen in iets dat lijkt op de werkelijke genmodellen, waarin genen, mrnas en cds's worden genest volgens de aard van het genmodel. Het bioperl-objectmodel stelt ons in staat om dit soort associaties tussen seqfeatures in te slaan Incepterende hiërarchieën - elk SEQFEATUREI-object kan geneste seqfeaturei-objecten bevatten. De BIO :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER-object vergemakkelijkt de constructie van deze hiërarchieën uit de onderliggende representatie van Genbank Flat-Feature-List. Vereisten: · Perl

Bio :: SEQFEATURE :: TOOLS :: UNFLATTENER Gerelateerde software