Bio :: Sage :: vergelijking BIO :: SAGE :: Vergelijking Module vergelijkt gegevens van seriële analyse van genexpressie (Sage) -bibliotheken.
Download nu

Bio :: Sage :: vergelijking Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Sage :: vergelijking Tags

Perl-module Genanalyse SAGE analyse gen VERSTANDIG

Bio :: Sage :: vergelijking Beschrijving

Bio :: Sage :: Vergelijking Module vergelijkt gegevens van seriële analyse van genexpressie (Sage) -bibliotheken. BIO :: SAGE :: Vergelijking Module vergelijkt gegevens van seriële analyse van genexpressie (Sage) -bibliotheken. Synopsis Gebruik Bio :: Sage :: vergelijking; $ SAGE = BIO :: SAGE :: VERGELIJKEND-> NIEUW (); Deze module biedt verschillende hulpmiddelen voor het vergelijken van gegevens die zijn gegenereerd uit seriële analyse van genexpressie (Sage) -bibliotheken. Achtergrondse analyse van genexpressie (Sage) is een moleculaire techniek voor het genereren een bijna-wereldwijde momentopname van de transcriptome van een celpopulatie. Kortom, de techniek extraheert korte sequenties op gedefinieerde posities van getranscribeerd mRNA. Deze korte sequenties worden vervolgens gecombineerd om ditags te vormen. De ditags zijn verbonden om lange sequenties te vormen die vervolgens worden gekloneerd. Het gekloneerde DNA wordt vervolgens gesequenced. Bioinformatic-technieken worden vervolgens gebruikt om de originele korte tagsequenties te bepalen en om hun progenitor mRNA te ontlenen. Het aantal keren dat een bepaalde tag wordt waargenomen kan worden gebruikt om het bedrag van een bepaald transcript te kwantificeren. De originele techniek werd beschreven door velculescu et al. (1995) en gebruikte een ~ 14BP-sequentie-tag. Een gemodificeerd protocol werd geïntroduceerd door SAHA et al. (2002) Dat produceerde ~ 21BP Tags.purposethis-module vergemakkelijkt de vergelijking van Sage-bibliotheken. Specifiek: 1. Berekeningen voor het bepalen van de statistische significantie van expressieverschillen. 2. Converteer de langere tag-bibliotheken dynamisch naar een korter type voor vergelijking (bijv. Vergelijking van een LongSage versus een gewone sage-bibliotheek). Normulier Sage (14mer-tag) en longsage (21mer-tag) worden ondersteund door deze module.statistische significantie in de bibliotheek vergelijkingen worden berekend met behulp van de methode die wordt beschreven door Audic en Claverie (1997). Code is gegenereerd door de oorspronkelijke C-bron van de auteurs rechtstreeks te voeren. REQUIRINGEN: · PERL

Bio :: Sage :: vergelijking Gerelateerde software