Bio :: Seq :: Primedseq Een weergave van een reeks en twee primers die een doelgebied flankeren
Download nu

Bio :: Seq :: Primedseq Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Seq :: Primedseq Tags

Perl-module perl bio doelwit gereproduceerde volgorde gegrond

Bio :: Seq :: Primedseq Beschrijving

Een weergave van een reeks en twee primers flankeren een doelgebied BIO :: SEQ :: PRIMEDSEQ is een weergave van een reeks en twee primers die een doelgebied flankeren. Synopsis # De eenvoudigste manier om dit te gebruiken is waarschijnlijk, (i), ontvang de # uitgang van BIO :: Tools :: Run: : Primer3, BIO :: TOOLS :: primer3, of # BIO :: TOOLS :: PCRSIMULATIE: # Begin bijvoorbeeld met een FASTA-bestand Gebruik BIO :: SEQIO; Gebruik Bio :: Tools :: Run :: Primer3; Mijn $ FILE = SHIFT || Die "heeft een bestand nodig om te lezen"; Mijn $ SEQIN = BIO :: SEQIO-> NIEUW (-FIEL => $ Bestand); mijn $ SEQ = $ SEQIN-> NEXT_SEQ; # Gebruik Primer3 om een aantal primers te ontwerpen Mijn $ Primer3run = BIO :: TOOLS :: RUN :: primer3-> NIEUW (-SEQ => $ SEQ); $ primer3run -> RUN; # Voer het uit met de standaardparameters # Maak een bestand om de resultaten te schrijven naar mijn $ SEQOUT = BIO :: SEQIO-> NIEUW (-FIEL => "> Primed_Aquece.gbk", -Format => 'Genbank'); # Krijg nu gewoon alle resultaten en schrijf ze uit. Terwijl (mijn $ resultaten = $ Primer3Run-> Next_Primer) {$ seqout-> write_seq ($ resultaten-> annotated_seq); } # Of, (ii), om een Genbank-bestand voor een reeks en de cognate # primers te maken: gebruik BIO :: SEQIO; Gebruik bio :: SEQ :: primedeq; # heb een sequentiebestand ($ bestand) met de sjabloon en twee primers # die overeenkomen, in FASTA-formaat Mijn $ Bestand = SHIFT || sterven "$ 0"; Mijn $ SEQIN = BIO :: SEQIO-> NIEUW (-FIEL => $ Bestand); # Lees drie sequenties Mijn ($ sjabloon, $ LeftPrimer, $ RightPrimer) = ($ SEQIN-> NEXT_SEQ, $ SEQIN-> NEXT_SEQ, $ SEQIN-> NEXT_SEQ); # Instellen van het Primed Sequence Object My $ Primedseq = BIO :: SEQ :: PRIMEDSEQ-> NIEUW (-SEQ => $ Sjabloon, -Left_primer => $ LeftPrimer, -right_primer => $ RightPrimer); # Open een bestand voor uitgang Mijn $ SEQOUT = BIO :: SEQIO-> NIEUW (-FIEL => "> PRIMED_EPLATIE.GBK", -Format => 'Genbank'); # Print de sequentie uit $ SEQOUT-> Write_SEQ ($ Primedseq-> Annotated_geving); # Dit moet een genbank-bestand uitvoeren met de twee primers met het label. Deze module is een enigszins verheerlijkte capsule die een geprimte sequentie bevat. Het is gemaakt om aan te pakken aan het feit dat een primer meer is dan een seqfeature en er moeten manieren zijn om het primer-sequentie-complex en het gedrag en de kenmerken te vertegenwoordigen die met het complex zijn geassocieerd. Vereisten: · Perl

Bio :: Seq :: Primedseq Gerelateerde software