Bio :: Tools :: BPLITE :: HSP BIO :: TOOLS :: BPLITE :: HSP is een Blast-rapport Hoog scorpaar (HSP).
Download nu

Bio :: Tools :: BPLITE :: HSP Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: BPLITE :: HSP Tags

Perl-module scoring bioperl Blast-rapport Hoog scoren paar Hsp

Bio :: Tools :: BPLITE :: HSP Beschrijving

Bio :: Tools :: BPLITE :: HSP is een Blast-rapport Hoog scorepaar (HSP). BIO :: TOOLS :: BPLITE :: HSP is een Blast-rapport High Scoring Pair (HSP) .Synopsis Gebruik Bio :: Tools :: BPLITE; Mijn $ Report = NIEUW BIO :: TOOLS :: BPLITE (-FH => * STDIN); {terwijl (mijn $ sbjct = $ rapport-> nextsbjct) {terwijl (mijn $ hsp = $ sbjct-> nexthsp) {$ hsp-> score; $ HSP-> Bits; $ hsp-> procent; $ hsp-> p; $ HSP-> Match; $ HSP-> positief; $ HSP-> lengte; $ HSP-> Queryseq; $ HSP-> SBJCTSEQ; $ HSP-> homologische; $ HSP-> Query-> Start; $ hsp-> query-> einde; $ HSP-> Hit-> Start; $ hsp-> hit-> einde; $ HSP-> HIT-> SEQ_ID; $ HSP-> Hit-> overlapt ($ exon); }} # De volgende regel brengt u naar het volgende rapport in de stream / bestand #. Het zal 0 retourneren als dat rapport leeg is, # maar dat is geldig voor een leeg BLAST-rapport. # Retourneert -1 voor EOF. Laatste als $ Report -> _ parseheader == -1; REDO} Dit object behandelt de High Scoring Pair-gegevens voor een BLAST-rapport. Dit is waar de Percentage Identity, Query en Hit Sequence Length, P-waarde, enz. Wordt opgeslagen en waar de meeste benodigde informatie zich bevindt bij het bouwen van logica rond het parseren van een BLAST-rapport. Vereisten: · Perl

Bio :: Tools :: BPLITE :: HSP Gerelateerde software