Bio :: Tools :: Codebontable BIO :: TOOLS :: Codietable is een Bioperl Codon-tabelobject.
Download nu

Bio :: Tools :: Codebontable Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Tools :: Codebontable Tags

tafel Perl-object bioperl module codontabel bioperl codon

Bio :: Tools :: Codebontable Beschrijving

Bio :: Tools :: Codietable is een Bioperl Codon Table-object. Bio :: Tools :: Codotable is een Bioperl Codon Table Object.Synopsis # Dit is een alleen-lezenklasse voor alle bekende Codon-tabellen. De ID's zijn # die worden gebruikt door nucleotidesequentiedatabases. Alle gangbare IUPAC # dubbelzinnigheidscodes voor DNA, RNA en animo-zuren worden erkend. # Gebruik Bio :: Tools :: Codietable; # Standaardwaarden voor ID 1 "Standaard" $ MycoDontable = BIO :: Tools :: Codontable-> Nieuw (); $ MYCODONTBARE2 = BIO :: TOOLS :: CODONTABLE -> NIEUW (-ID => 3); # Wijzig Codon Tabel $ MycoDontable-> ID (5); # Onderzoek Codon Table Print Join ('', "de naam van de codon tabel nr.", $ MycoDontable-> ID (4), "is:", $ mycoDontable-> naam (), "N"); # Vertalen een codon $ AA = $ mycoDontable-> Vertaal ('acu'); $ AA = $ mycoDontable-> Vertaal ('wet'); $ AA = $ mycoDontable-> Vertaal ('YTR'); # Reverse Vertaal een aminozuur @codons = $ mycoDontable-> Revtranslate ('A'); @Codons = $ MycoDontable-> RevtranLate ('Ser'); @Codons = $ MycoDontable-> RevtranLate ('GLX'); @Codons = $ MycoDontable-> RevtranLate ('Cys', 'RNA'); #Boelische tests afdrukken "is een startn" als $ mycoDontable-> is_start_codon ('ATG'); Print "is een termianatorn" als $ mycoDontable-> is_ter_codon ('teer'); Print "is een unknownn" als $ mycoDontable-> is_dunkNown_codon ('JTG'); Codon-tabellen worden ook vertaaltabellen of genetica-codes genoemd, want dat is wat ze proberen te vertegenwoordigen. Een beetje completer beeld van de volledige complexiteit van Codon-gebruik in verschillende taxonomische groepen die worden gepresenteerd op de NCBI-genetische codes Home Page.codontable is een bioperl-klasse die alle huidige vertaaltabellen kent die worden gebruikt door primaire nucleotidesequentiedatabases (Genbank, EMBL en DDBJ ). Het biedt methoden voor het uitoefenen van informatie over tabellen en relaties tussen codons en aminozuren. Deze klasse en zijn methoden erkenden alle gemeenschappelijke IUPAC-ambiguïteitcodes voor DNA-, RNA- en animo-zuren. De vertaalmethode volgt de conventies in EMBL en Trembl-databases. Het is overlast om RNA- en cDNA-representaties van nucleïnezuurtranscripts te scheiden. Het codaatbare object accepteert codons van zowel Type als invoer en stelt de gebruiker in staat de modus in te stellen voor uitvoer wanneer u omkeren. De standaard voor uitvoer is DNA.Note: deze klas behandelt voornamelijk met individuele codons en aminozuren. In het belang van de snelheid kun je echter ook langere volgorde vertalen. De volledige complexiteit van eiwitvertaling wordt aangepakt door BIO :: BIMIALEQI :: Vertaal. Vereisten: · Perl

Bio :: Tools :: Codebontable Gerelateerde software